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Structure paper

タイトルStructural Basis for High-Affinity Trapping of the Na1.7 Channel in Its Resting State by Tarantula Toxin.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 81, Issue 1, Page 38-48.e4, Year 2021
掲載日2021年1月7日
著者Goragot Wisedchaisri / Lige Tonggu / Tamer M Gamal El-Din / Eedann McCord / Ning Zheng / William A Catterall /
PubMed 要旨Voltage-gated sodium channels initiate electrical signals and are frequently targeted by deadly gating-modifier neurotoxins, including tarantula toxins, which trap the voltage sensor in its resting ...Voltage-gated sodium channels initiate electrical signals and are frequently targeted by deadly gating-modifier neurotoxins, including tarantula toxins, which trap the voltage sensor in its resting state. The structural basis for tarantula-toxin action remains elusive because of the difficulty of capturing the functionally relevant form of the toxin-channel complex. Here, we engineered the model sodium channel NaAb with voltage-shifting mutations and the toxin-binding site of human Na1.7, an attractive pain target. This mutant chimera enabled us to determine the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of the channel functionally arrested by tarantula toxin. Our structure reveals a high-affinity resting-state-specific toxin-channel interaction between a key lysine residue that serves as a "stinger" and penetrates a triad of carboxyl groups in the S3-S4 linker of the voltage sensor. By unveiling this high-affinity binding mode, our studies establish a high-resolution channel-docking and resting-state locking mechanism for huwentoxin-IV and provide guidance for developing future resting-state-targeted analgesic drugs.
リンクMol Cell / PubMed:33232657 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.6 Å
構造データ

22661

7k48

EMDB-22661, PDB-7k48:
Structure of NavAb/Nav1.7-VS2A chimera trapped in the resting state by tarantula toxin m3-Huwentoxin-IV
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

由来
  • Escherichia coli (大腸菌)
  • haplopelma schmidti (クモ)
  • arcobacter butzleri (strain rm4018) (バクテリア)
  • escherichia coli (strain k12) (大腸菌)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Ion channel / Voltage-gated sodium channel / Gating-modifier toxin

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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