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Structure paper

タイトルStructural mechanism for replication origin binding and remodeling by a metazoan origin recognition complex and its co-loader Cdc6.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 11, Issue 1, Page 4263, Year 2020
掲載日2020年8月26日
著者Jan Marten Schmidt / Franziska Bleichert /
PubMed 要旨Eukaryotic DNA replication initiation relies on the origin recognition complex (ORC), a DNA-binding ATPase that loads the Mcm2-7 replicative helicase onto replication origins. Here, we report cryo- ...Eukaryotic DNA replication initiation relies on the origin recognition complex (ORC), a DNA-binding ATPase that loads the Mcm2-7 replicative helicase onto replication origins. Here, we report cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of DNA-bound Drosophila ORC with and without the co-loader Cdc6. These structures reveal that Orc1 and Orc4 constitute the primary DNA binding site in the ORC ring and cooperate with the winged-helix domains to stabilize DNA bending. A loop region near the catalytic Walker B motif of Orc1 directly contacts DNA, allosterically coupling DNA binding to ORC's ATPase site. Correlating structural and biochemical data show that DNA sequence modulates DNA binding and remodeling by ORC, and that DNA bending promotes Mcm2-7 loading in vitro. Together, these findings explain the distinct DNA sequence-dependencies of metazoan and S. cerevisiae initiators in origin recognition and support a model in which DNA geometry and bendability contribute to Mcm2-7 loading site selection in metazoans.
リンクNat Commun / PubMed:32848132 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.2 - 4.0 Å
構造データ

22329

7jgr

EMDB-22329, PDB-7jgr:
Structure of Drosophila ORC bound to DNA (84 bp) and Cdc6
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

22330

7jgs

EMDB-22330, PDB-7jgs:
Structure of Drosophila ORC bound to poly(dA/dT) DNA and Cdc6 (conformation 2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

22359

7jk2

EMDB-22359, PDB-7jk2:
Structure of Drosophila ORC bound to poly(dA/dT) DNA and Cdc6 (conformation 1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

22360

7jk3

EMDB-22360, PDB-7jk3:
Structure of Drosophila ORC bound to GC-rich DNA and Cdc6
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

22361

7jk4

EMDB-22361, PDB-7jk4:
Structure of Drosophila ORC bound to AT-rich DNA and Cdc6
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

22362

7jk5

EMDB-22362, PDB-7jk5:
Structure of Drosophila ORC bound to DNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

22363

7jk6

EMDB-22363, PDB-7jk6:
Structure of Drosophila ORC in the active conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

化合物

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードREPLICATION / origin recognition complex / DNA replication initiation / DNA binding / REPLICATION/DNA / REPLICATION-DNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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