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タイトルStructural basis for placental malaria mediated by Plasmodium falciparum VAR2CSA.
ジャーナル・号・ページNat Microbiol, Vol. 6, Issue 3, Page 380-391, Year 2021
掲載日2021年1月15日
著者Rui Ma / Tengfei Lian / Rick Huang / Jonathan P Renn / Jennifer D Petersen / Joshua Zimmerberg / Patrick E Duffy / Niraj H Tolia /
PubMed 要旨Plasmodium falciparum VAR2CSA binds to chondroitin sulfate A (CSA) on the surface of the syncytiotrophoblast during placental malaria. This interaction facilitates placental sequestration of malaria ...Plasmodium falciparum VAR2CSA binds to chondroitin sulfate A (CSA) on the surface of the syncytiotrophoblast during placental malaria. This interaction facilitates placental sequestration of malaria parasites resulting in severe health outcomes for both the mother and her offspring. Furthermore, CSA is presented by diverse cancer cells and specific targeting of cells by VAR2CSA may become a viable approach for cancer treatment. In the present study, we determined the cryo-electron microscopy structures of the full-length ectodomain of VAR2CSA from P. falciparum strain NF54 in complex with CSA, and VAR2CSA from a second P. falciparum strain FCR3. The architecture of VAR2CSA is composed of a stable core flanked by a flexible arm. CSA traverses the core domain by binding within two channels and CSA binding does not induce major conformational changes in VAR2CSA. The CSA-binding elements are conserved across VAR2CSA variants and are flanked by polymorphic segments, suggesting immune selection outside the CSA-binding sites. This work provides paths for developing interventions against placental malaria and cancer.
リンクNat Microbiol / PubMed:33452495 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.36 - 4.88 Å
構造データ

22323

7jgd

EMDB-22323, PDB-7jgd:
Cryo-EM structure of P. falciparum VAR2CSA FCR3 core at 3.4 A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.38 Å

22324

7jge

EMDB-22324, PDB-7jge:
Cryo-EM structure of P. falciparum VAR2CSA FCR3 core at 4 A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

22325

7jgf

EMDB-22325, PDB-7jgf:
Cryo-EM structure of P. falciparum VAR2CSA FCR3 domains DBL5 and DBL6 at 4.69 A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.69 Å

22326

7jgg

EMDB-22326, PDB-7jgg:
Cryo-EM structure of P. falciparum VAR2CSA NF45 DBL5 and DBL6 domains at 4.88 A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.88 Å

22327

7jgh

EMDB-22327, PDB-7jgh:
Cryo-EM structure of P. falciparum VAR2CSA NF54 core in complex with CSA at 3.36 A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.36 Å

化合物

ChemComp-ASG:
2-acetamido-2-deoxy-4-O-sulfo-beta-D-galactopyranose / N-アセチル-β-D-ガラクトサミン4-硫酸

由来
  • plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
  • plasmodium falciparum (isolate nf54) (マラリア病原虫)
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Placental malaria / VAR2CSA / Duffy binding domain / CSA / PfEMP1

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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