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タイトルStructures of the human cholecystokinin receptors bound to agonists and antagonists.
ジャーナル・号・ページNat Chem Biol, Vol. 17, Issue 12, Page 1230-1237, Year 2021
掲載日2021年9月23日
著者Xuefeng Zhang / Chenglin He / Mu Wang / Qingtong Zhou / Dehua Yang / Ya Zhu / Wenbo Feng / Hui Zhang / Antao Dai / Xiaojing Chu / Jia Wang / Zhenlin Yang / Yi Jiang / Ulrich Sensfuss / Qiuxiang Tan / Shuo Han / Steffen Reedtz-Runge / H Eric Xu / Suwen Zhao / Ming-Wei Wang / Beili Wu / Qiang Zhao /
PubMed 要旨Cholecystokinin receptors, CCKR and CCKR, are important neurointestinal peptide hormone receptors and play a vital role in food intake and appetite regulation. Here, we report three crystal ...Cholecystokinin receptors, CCKR and CCKR, are important neurointestinal peptide hormone receptors and play a vital role in food intake and appetite regulation. Here, we report three crystal structures of the human CCKR in complex with different ligands, including one peptide agonist and two small-molecule antagonists, as well as two cryo-electron microscopy structures of CCKR-gastrin in complex with G and G, respectively. These structures reveal the recognition pattern of different ligand types and the molecular basis of peptide selectivity in the cholecystokinin receptor family. By comparing receptor structures in different conformational states, a stepwise activation process of cholecystokinin receptors is proposed. Combined with pharmacological data, our results provide atomic details for differential ligand recognition and receptor activation mechanisms. These insights will facilitate the discovery of potential therapeutics targeting cholecystokinin receptors.
リンクNat Chem Biol / PubMed:34556863
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.5 - 3.3 Å
構造データ

31493

7f8v

EMDB-31493, PDB-7f8v:
Cryo-EM structure of the cholecystokinin receptor CCKBR in complex with gastrin-17 and Gi
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

31494

7f8w

EMDB-31494, PDB-7f8w:
Cryo-EM structure of the cholecystokinin receptor CCKBR in complex with gastrin-17 and Gq
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

PDB-7f8u:
Crystal structure of the cholecystokinin receptor CCKAR in complex with lintitript
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.8 Å

PDB-7f8x:
Crystal structure of the cholecystokinin receptor CCKAR in complex with NN9056
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3 Å

PDB-7f8y:
Crystal structure of the cholecystokinin receptor CCKAR in complex with devazepide
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.5 Å

化合物

ChemComp-1OE:
2-[2-[[4-(2-chlorophenyl)-1,3-thiazol-2-yl]carbamoyl]indol-1-yl]ethanoic acid / SR-27897

ChemComp-1OZ:
N-[(3S)-1-methyl-2-oxidanylidene-5-phenyl-3H-1,4-benzodiazepin-3-yl]-1H-indole-2-carboxamide / デバゼピド / アンタゴニスト*YM

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • enterobacteria phage t4 (ファージ)
  • escherichia virus t4 (ウイルス)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / G protein-coulped receptor / Cholecystokinin receptor CCKAR / lintitript / Cholecystokinin receptor CCKBR / Gastrin-17 / devazepide

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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