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タイトルA male germ-cell-specific ribosome controls male fertility.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 612, Issue 7941, Page 725-731, Year 2022
掲載日2022年12月14日
著者Huiling Li / Yangao Huo / Xi He / Liping Yao / Hao Zhang / Yiqiang Cui / Huijuan Xiao / Wenxiu Xie / Dejiu Zhang / Yue Wang / Shu Zhang / Haixia Tu / Yiwei Cheng / Yueshuai Guo / Xintao Cao / Yunfei Zhu / Tao Jiang / Xuejiang Guo / Yan Qin / Jiahao Sha /
PubMed 要旨Ribosomes are highly sophisticated translation machines that have been demonstrated to be heterogeneous in the regulation of protein synthesis. Male germ cell development involves complex ...Ribosomes are highly sophisticated translation machines that have been demonstrated to be heterogeneous in the regulation of protein synthesis. Male germ cell development involves complex translational regulation during sperm formation. However, it remains unclear whether translation during sperm formation is performed by a specific ribosome. Here we report a ribosome with a specialized nascent polypeptide exit tunnel, Ribosome, that is assembled with the male germ-cell-specific protein RPL39L, the paralogue of core ribosome (Ribosome) protein RPL39. Deletion of Ribosome in mice causes defective sperm formation, resulting in substantially reduced fertility. Our comparison of single-particle cryo-electron microscopy structures of ribosomes from mouse kidneys and testes indicates that Ribosome features a ribosomal polypeptide exit tunnel of distinct size and charge states compared with Ribosome. Ribosome predominantly cotranslationally regulates the folding of a subset of male germ-cell-specific proteins that are essential for the formation of sperm. Moreover, we found that specialized functions of Ribosome were not replaceable by Ribosome. Taken together, identification of this sperm-specific ribosome should greatly expand our understanding of ribosome function and tissue-specific regulation of protein expression pattern in mammals.
リンクNature / PubMed:36517592
手法EM (単粒子)
解像度2.82 - 3.03 Å
構造データ

30432

7cpu

EMDB-30432, PDB-7cpu:
Cryo-EM structure of 80S ribosome from mouse kidney
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.82 Å

30433

7cpv

EMDB-30433, PDB-7cpv:
Cryo-EM structure of 80S ribosome from mouse testis
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.03 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードRIBOSOME / 80S mouse ribosome / protein translation / RPL39 / RPL39L / kidney ribosome / testis ribosome / Cryo-EM

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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