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タイトルStructures of cell wall arabinosyltransferases with the anti-tuberculosis drug ethambutol.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 368, Issue 6496, Page 1211-1219, Year 2020
掲載日2020年6月12日
著者Lu Zhang / Yao Zhao / Yan Gao / Lijie Wu / Ruogu Gao / Qi Zhang / Yinan Wang / Chengyao Wu / Fangyu Wu / Sudagar S Gurcha / Natacha Veerapen / Sarah M Batt / Wei Zhao / Ling Qin / Xiuna Yang / Manfu Wang / Yan Zhu / Bing Zhang / Lijun Bi / Xian'en Zhang / Haitao Yang / Luke W Guddat / Wenqing Xu / Quan Wang / Jun Li / Gurdyal S Besra / Zihe Rao /
PubMed 要旨The arabinosyltransferases EmbA, EmbB, and EmbC are involved in cell wall synthesis and are recognized as targets for the anti-tuberculosis drug ethambutol. In this study, we determined cryo- ...The arabinosyltransferases EmbA, EmbB, and EmbC are involved in cell wall synthesis and are recognized as targets for the anti-tuberculosis drug ethambutol. In this study, we determined cryo-electron microscopy and x-ray crystal structures of mycobacterial EmbA-EmbB and EmbC-EmbC complexes in the presence of their glycosyl donor and acceptor substrates and with ethambutol. These structures show how the donor and acceptor substrates bind in the active site and how ethambutol inhibits arabinosyltransferases by binding to the same site as both substrates in EmbB and EmbC. Most drug-resistant mutations are located near the ethambutol binding site. Collectively, our work provides a structural basis for understanding the biochemical function and inhibition of arabinosyltransferases and the development of new anti-tuberculosis agents.
リンクScience / PubMed:32327601
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.81 - 3.3 Å
構造データ

30216

7bvc

EMDB-30216, PDB-7bvc:
Cryo-EM structure of Mycobacterium smegmatis arabinosyltransferase EmbA-EmbB-AcpM2 in complex with ethambutol
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

30217

7bve

EMDB-30217, PDB-7bve:
Cryo-EM structure of Mycobacterium smegmatis arabinosyltransferase EmbC2-AcpM2 in complex with ethambutol
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.81 Å

30218

7bvf

EMDB-30218, PDB-7bvf:
Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis arabinosyltransferase EmbA-EmbB-AcpM2 in complex with ethambutol
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.97 Å

30219

7bvg

EMDB-30219, PDB-7bvg:
Cryo-EM structure of Mycobacterium smegmatis arabinosyltransferase EmbA-EmbB-AcpM2 in complex with di-arabinose.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

PDB-7bvh:
Crystal structure of arabinosyltransferase EmbC2-AcpM2 complex from Mycobacterium smegmatis complexed with di-arabinose
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.3 Å

化合物

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

ChemComp-F8L:
[(2Z,6E,10E,14Z,18E,22Z,26Z)-3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-decamethyltetraconta-2,6,10,14,18,22,26,30,34,38-decaenyl] [(2S,3S,4S,5R)-5-(hydroxymethyl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl] hydrogen phosphate

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-PNS:
4'-PHOSPHOPANTETHEINE / パンテテイン4′-りん酸

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

ChemComp-95E:
Ethambutol / エタンブト-ル / 薬剤*YM

ChemComp-PN7:
N~3~-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-N-(2-sulfanylethyl)-beta-alaninamide

ChemComp-DSL:
MONO-TRANS, OCTA-CIS DECAPRENYL-PHOSPHATE

ChemComp-BXY:
alpha-D-arabinofuranose / α-D-アラビノフラノ-ス

由来
  • mycolicibacterium smegmatis mc2 155 (バクテリア)
  • mycolicibacterium smegmatis (strain atcc 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
  • mycobacterium tuberculosis h37rv (結核菌)
キーワードTRANSFERASE / Mycobacterium smegmatis / cell wall synthesis / drug target / ethambutol / arabinosyltransferase / EmbA / EmbB / EmbC / acyl carrier protein / arabinogalactan / lipoarabinomannan / drug resistance / Mycobacterium tuberculosis

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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