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タイトルA Human Antibody Neutralizes Different Flaviviruses by Using Different Mechanisms.
ジャーナル・号・ページCell Rep, Vol. 31, Issue 4, Page 107584, Year 2020
掲載日2020年4月28日
著者Shuijun Zhang / Thomas Loy / Thiam-Seng Ng / Xin-Ni Lim / Shyn-Yun Valerie Chew / Ter Yong Tan / Meihui Xu / Victor A Kostyuchenko / Farhana Tukijan / Jian Shi / Katja Fink / Shee-Mei Lok /
PubMed 要旨Human antibody SIgN-3C neutralizes dengue virus (DENV) and Zika virus (ZIKV) differently. DENV:SIgN-3C Fab and ZIKV:SIgN-3C Fab cryoelectron microscopy (cryo-EM) complex structures show Fabs ...Human antibody SIgN-3C neutralizes dengue virus (DENV) and Zika virus (ZIKV) differently. DENV:SIgN-3C Fab and ZIKV:SIgN-3C Fab cryoelectron microscopy (cryo-EM) complex structures show Fabs crosslink E protein dimers at extracellular pH 8.0 condition and also when further incubated at acidic endosomal conditions (pH 8.0-6.5). We observe Fab binding to DENV (pH 8.0-5.0) prevents virus fusion, and the number of bound Fabs increase (from 120 to 180). For ZIKV, although there are already 180 copies of Fab at pH 8.0, virus structural changes at pH 5.0 are not inhibited. The immunoglobulin G (IgG):DENV structure at pH 8.0 shows both Fab arms bind to epitopes around the 2-fold vertex. On ZIKV, an additional Fab around the 5-fold vertex at pH 8.0 suggests one IgG arm would engage with an epitope, although the other may bind to other viruses, causing aggregation. For DENV2 at pH 5.0, a similar scenario would occur, suggesting DENV2:IgG complex would aggregate in the endosome. Hence, a single antibody employs different neutralization mechanisms against different flaviviruses.
リンクCell Rep / PubMed:32348755
手法EM (単粒子)
解像度3.8 - 7.8 Å
構造データ

30192

7bu8

EMDB-30192, PDB-7bu8:
Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab SIgN-3C at pH 6.5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

30193

7bua

EMDB-30193, PDB-7bua:
Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab SIgN-3C at pH 8.0
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.8 Å

30194

7bub

EMDB-30194, PDB-7bub:
Cryo-EM structure of Dengue virus serotype 2 complexed with Fab SIgN-3C at pH 6.5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

30195

7bud

EMDB-30195, PDB-7bud:
Cryo-EM structure of Dengue virus serotype 2 complexed with Fab SIgN-3C at pH 8.0
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

30196

7bue

EMDB-30196, PDB-7bue:
Cryo-EM structure of Dengue virus serotype 2 complexed with Fab SIgN-3C at pH 5.0
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.8 Å

30197

7buf

EMDB-30197, PDB-7buf:
Cryo-EM structure of Dengue virus serotype 2 complexed with SIgN-3C IgG
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.1 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

由来
  • zika virus zikv/h. sapiens/frenchpolynesia/10087pf/2013 (ジカ熱ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
  • dengue virus 2 (デング熱ウイルス)
キーワードVIRUS / Zika virus / antibody / neutralization / Dengue virus

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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