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Structure paper

タイトルStructural insights into assembly, operation and inhibition of a type I restriction-modification system.
ジャーナル・号・ページNat Microbiol, Vol. 5, Issue 9, Page 1107-1118, Year 2020
掲載日2020年6月1日
著者Yina Gao / Duanfang Cao / Jingpeng Zhu / Han Feng / Xiu Luo / Songqing Liu / Xiao-Xue Yan / Xinzheng Zhang / Pu Gao /
PubMed 要旨Type I restriction-modification (R-M) systems are widespread in prokaryotic genomes and provide robust protection against foreign DNA. They are multisubunit enzymes with methyltransferase, ...Type I restriction-modification (R-M) systems are widespread in prokaryotic genomes and provide robust protection against foreign DNA. They are multisubunit enzymes with methyltransferase, endonuclease and translocase activities. Despite extensive studies over the past five decades, little is known about the molecular mechanisms of these sophisticated machines. Here, we report the cryo-electron microscopy structures of the representative EcoR124I R-M system in different assemblies (RMS, RMS and MS) bound to target DNA and the phage and mobile genetic element-encoded anti-restriction proteins Ocr and ArdA. EcoR124I can precisely regulate different enzymatic activities by adopting distinct conformations. The marked conformational transitions of EcoR124I are dependent on the intrinsic flexibility at both the individual-subunit and assembled-complex levels. Moreover, Ocr and ArdA use a DNA-mimicry strategy to inhibit multiple activities, but do not block the conformational transitions of the complexes. These structural findings, complemented by mutational studies of key intermolecular contacts, provide insights into assembly, operation and inhibition mechanisms of type I R-M systems.
リンクNat Microbiol / PubMed:32483229
手法EM (単粒子)
解像度3.97 - 7.38 Å
構造データ

30166

7bst

EMDB-30166, PDB-7bst:
EcoR124I-Ocr in the Intermediate State
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.37 Å

30180

7bto

EMDB-30180, PDB-7bto:
EcoR124I-ArdA in the Translocation State
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.97 Å

30181

7btp

EMDB-30181, PDB-7btp:
EcoR124I-Ocr in Restriction-Alleviation State
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.01 Å

30182

7btq

EMDB-30182, PDB-7btq:
EcoR124I-DNA in the Restriction-Alleviation State
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.54 Å

30183

7btr

EMDB-30183, PDB-7btr:
EcoR124I-ArdA in the Restriction-Alleviation State
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.54 Å

EMDB-30184:
EcoR124I-Ocr in the Translocation State
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.17 Å

EMDB-30185:
EcoR124I-DNA in the Intermediate State
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.38 Å

EMDB-30186:
EcoR124I-DNA in the Translocation State
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.72 Å

EMDB-30187:
EcoR124I MTase-DNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.33 Å

EMDB-30188:
EcoR124I MTase-ArdA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.3 Å

由来
  • escherichia coli (大腸菌)
  • escherichia phage t7 (ファージ)
  • enterococcus faecalis engen0302 (乳酸球菌)
キーワードIMMUNE SYSTEM / Cryoelectron microscopy / Innate immune mechanism / Complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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