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Structure paper

タイトルUsing cryo-EM to understand antimycobacterial resistance in the catalase-peroxidase (KatG) from Mycobacterium tuberculosis.
ジャーナル・号・ページStructure, Vol. 29, Issue 8, Page 899-912.e4, Year 2021
掲載日2021年8月5日
著者Asma Munir / Michael T Wilson / Steven W Hardwick / Dimitri Y Chirgadze / Jonathan A R Worrall / Tom L Blundell / Amanda K Chaplin /
PubMed 要旨Resolution advances in cryoelectron microscopy (cryo-EM) now offer the possibility to visualize structural effects of naturally occurring resistance mutations in proteins and also of understanding ...Resolution advances in cryoelectron microscopy (cryo-EM) now offer the possibility to visualize structural effects of naturally occurring resistance mutations in proteins and also of understanding the binding mechanisms of small drug molecules. In Mycobacterium tuberculosis the multifunctional heme enzyme KatG is indispensable for activation of isoniazid (INH), a first-line pro-drug for treatment of tuberculosis. We present a cryo-EM methodology for structural and functional characterization of KatG and INH resistance variants. The cryo-EM structure of the 161 kDa KatG dimer in the presence of INH is reported to 2.7 Å resolution allowing the observation of potential INH binding sites. In addition, cryo-EM structures of two INH resistance variants, identified from clinical isolates, W107R and T275P, are reported. In combination with electronic absorbance spectroscopy our cryo-EM approach reveals how these resistance variants cause disorder in the heme environment preventing heme uptake and retention, providing insight into INH resistance.
リンクStructure / PubMed:33444527 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.68 - 3.7 Å
構造データ

11234

6zji

EMDB-11234, PDB-6zji:
Cryo-EM structure of wild-type KatG from M. tuberculosis
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

11625

7a2i

EMDB-11625, PDB-7a2i:
Cryo-EM structure of W107R KatG from M. tuberculosis
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

11676

7a7a

EMDB-11676, PDB-7a7a:
Cryo-EM structure of W107R after heme uptake (2heme molecules) KatG from M. tuberculosis
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.08 Å

11677

7a7c

EMDB-11677, PDB-7a7c:
Cryo-EM structure of W107R after heme uptake (1heme molecule) KatG from M. tuberculosis
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.16 Å

11680

7a8z

EMDB-11680, PDB-7a8z:
Cryo-EM structure of T275P KatG from M. tuberculosis
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.35 Å

11689

7aa3

EMDB-11689, PDB-7aa3:
T275P after heme uptake from M. tuberculosis
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.56 Å

11776

7ag8

EMDB-11776, PDB-7ag8:
Cryo-EM structure of wild-type KatG from M. tuberculosis
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.68 Å

化合物

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

由来
  • mycobacterium tuberculosis (結核菌)
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Heme / Peroxidase-Catalase / catalase / peroxidase / Peroxidase enzyme

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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