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タイトルThe epitope arrangement on flavivirus particles contributes to Mab C10's extraordinary neutralization breadth across Zika and dengue viruses.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 184, Issue 25, Page 6052-6066.e18, Year 2021
掲載日2021年12月9日
著者Arvind Sharma / Xiaokang Zhang / Wanwisa Dejnirattisai / Xinghong Dai / Danyang Gong / Wiyada Wongwiwat / Stéphane Duquerroy / Alexander Rouvinski / Marie-Christine Vaney / Pablo Guardado-Calvo / Ahmed Haouz / Patrick England / Ren Sun / Z Hong Zhou / Juthathip Mongkolsapaya / Gavin R Screaton / Felix A Rey /
PubMed 要旨The human monoclonal antibody C10 exhibits extraordinary cross-reactivity, potently neutralizing Zika virus (ZIKV) and the four serotypes of dengue virus (DENV1-DENV4). Here we describe a comparative ...The human monoclonal antibody C10 exhibits extraordinary cross-reactivity, potently neutralizing Zika virus (ZIKV) and the four serotypes of dengue virus (DENV1-DENV4). Here we describe a comparative structure-function analysis of C10 bound to the envelope (E) protein dimers of the five viruses it neutralizes. We demonstrate that the C10 Fab has high affinity for ZIKV and DENV1 but not for DENV2, DENV3, and DENV4. We further show that the C10 interaction with the latter viruses requires an E protein conformational landscape that limits binding to only one of the three independent epitopes per virion. This limited affinity is nevertheless counterbalanced by the particle's icosahedral organization, which allows two different dimers to be reached by both Fab arms of a C10 immunoglobulin. The epitopes' geometric distribution thus confers C10 its exceptional neutralization breadth. Our results highlight the importance not only of paratope/epitope complementarity but also the topological distribution for epitope-focused vaccine design.
リンクCell / PubMed:34852239 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.1 - 3.6 Å
構造データ

30465

7cth

EMDB-30465, PDB-7cth:
Cryo-EM structure of dengue virus serotype 2 in complex with the scFv fragment of the broadly neutralizing antibody EDE1 C10
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

PDB-7a3n:
Crystal structure of Zika virus envelope glycoprotein in complex with the Fab fragment of the broadly neutralizing human antibody EDE1 C10
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.1 Å

PDB-7a3o:
Crystal structure of dengue 1 virus envelope glycoprotein in complex with the scFv fragment of the broadly neutralizing human antibody EDE1 C10
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.8 Å

PDB-7a3p:
Crystal structure of dengue 3 virus envelope glycoprotein in complex with the scFv fragment of the broadly neutralizing human antibody EDE1 C10
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.19 Å

PDB-7a3q:
Crystal structure of dengue 4 virus envelope glycoprotein in complex with the scFv fragment of the broadly neutralizing human antibody EDE1 C10
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.7 Å

PDB-7a3r:
Crystal structure of dengue 1 virus envelope glycoprotein
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.6 Å

PDB-7a3s:
Crystal structure of dengue 3 virus envelope glycoprotein
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.8 Å

PDB-7a3t:
Crystal structure of dengue 3 virus envelope glycoprotein in complex with the Fab fragment of the broadly neutralizing human antibody EDE1 C8
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.65 Å

PDB-7a3u:
Crystal structure of Zika virus envelope glycoprotein in complex with the divalent F(ab')2 fragment of the broadly neutralizing human antibody EDE1 C10
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.0 Å

化合物

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-HOH:
WATER / 水

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル / グリセリン

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

ChemComp-3CX:
(2S)-3-(cyclohexylamino)-2-hydroxypropane-1-sulfonic acid

由来
  • dengue virus 2 (デング熱ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
  • zika virus (ジカ熱ウイルス)
  • dengue virus 1 (デング熱ウイルス)
  • dengue virus 3 (デング熱ウイルス)
  • dengue virus 4 (デング熱ウイルス)
  • dengue virus 3 philippines/h87/1956 (デング熱ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / FLAVIVIRUS / CLASS 2 FUSION PROTEIN / ANTIBODY (抗体) / Fab / IMMUNOCOMPLEX / ZIKA (ジカ熱) / broadly neutralising antibody / DENGUE (デング熱) / F(ab')2 / VIRUS (ウイルス) / Dengue virus / broadly neutralizing

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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