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Structure paper

タイトルMechanism of auto-inhibition and activation of Mec1 checkpoint kinase.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 28, Issue 1, Page 50-61, Year 2021
掲載日2020年11月9日
著者Elias A Tannous / Luke A Yates / Xiaodong Zhang / Peter M Burgers /
PubMed 要旨In response to DNA damage or replication fork stalling, the basal activity of Mec1 is stimulated in a cell-cycle-dependent manner, leading to cell-cycle arrest and the promotion of DNA repair. Mec1 ...In response to DNA damage or replication fork stalling, the basal activity of Mec1 is stimulated in a cell-cycle-dependent manner, leading to cell-cycle arrest and the promotion of DNA repair. Mec1 dysfunction leads to cell death in yeast and causes chromosome instability and embryonic lethality in mammals. Thus, ATR is a major target for cancer therapies in homologous recombination-deficient cancers. Here we identify a single mutation in Mec1, conserved in ATR, that results in constitutive activity. Using cryo-electron microscopy, we determine the structures of this constitutively active form (Mec1(F2244L)-Ddc2) at 2.8 Å and the wild type at 3.8 Å, both in complex with Mg-AMP-PNP. These structures yield a near-complete atomic model for Mec1-Ddc2 and uncover the molecular basis for low basal activity and the conformational changes required for activation. Combined with biochemical and genetic data, we discover key regulatory regions and propose a Mec1 activation mechanism.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:33169019 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.82 - 4.3 Å
構造データ

11050

6z2w

EMDB-11050, PDB-6z2w:
Mec1-Ddc2 (F2244L mutant) in complex with Mg AMP-PNP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.82 Å

11051

6z2x

EMDB-11051, PDB-6z2x:
Mec1-Ddc2 (F2244L mutant) in complex with Mg AMP-PNP (State II)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

11055

6z3a

EMDB-11055, PDB-6z3a:
Mec1-Ddc2 (wild-type) in complex with AMP-PNP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-11056:
Mec1-Ddc2 (wild-type) apo
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

化合物

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • saccharomyces cerevisiae s288c (パン酵母)
  • Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
キーワードHYDROLASE / serine/threonine protein kinase / complex / DNA damage response / checkpoint control

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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