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タイトルThe Hantavirus Surface Glycoprotein Lattice and Its Fusion Control Mechanism.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 183, Issue 2, Page 442-456.e16, Year 2020
掲載日2020年10月15日
著者Alexandra Serris / Robert Stass / Eduardo A Bignon / Nicolás A Muena / Jean-Claude Manuguerra / Rohit K Jangra / Sai Li / Kartik Chandran / Nicole D Tischler / Juha T Huiskonen / Felix A Rey / Pablo Guardado-Calvo /
PubMed 要旨Hantaviruses are rodent-borne viruses causing serious zoonotic outbreaks worldwide for which no treatment is available. Hantavirus particles are pleomorphic and display a characteristic square ...Hantaviruses are rodent-borne viruses causing serious zoonotic outbreaks worldwide for which no treatment is available. Hantavirus particles are pleomorphic and display a characteristic square surface lattice. The envelope glycoproteins Gn and Gc form heterodimers that further assemble into tetrameric spikes, the lattice building blocks. The glycoproteins, which are the sole targets of neutralizing antibodies, drive virus entry via receptor-mediated endocytosis and endosomal membrane fusion. Here we describe the high-resolution X-ray structures of the heterodimer of Gc and the Gn head and of the homotetrameric Gn base. Docking them into an 11.4-Å-resolution cryoelectron tomography map of the hantavirus surface accounted for the complete extramembrane portion of the viral glycoprotein shell and allowed a detailed description of the surface organization of these pleomorphic virions. Our results, which further revealed a built-in mechanism controlling Gc membrane insertion for fusion, pave the way for immunogen design to protect against pathogenic hantaviruses.
リンクCell / PubMed:32937107 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均) / X線回折
解像度1.902 - 15.6 Å
構造データ

11236

6zjm

EMDB-11236: Reconstruction of Tula virus surface glycoprotein lattice
PDB-6zjm: Atomic model of Andes virus glycoprotein spike tetramer generated by fitting into a Tula virus reconstruction
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 11.4 Å

EMDB-4867:
Sub-tomogram averaging of Tula virus glycoprotein spike
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 15.6 Å

PDB-6y5f:
Crystal structure of the envelope glycoprotein prefusion complex of Andes virus - Mutant H953F
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.2 Å

PDB-6y5w:
Crystal structure of the envelope glycoprotein complex of Andes virus in a near postfusion conformation
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.55 Å

PDB-6y62:
Crystal structure of the envelope glycoprotein complex of Maporal virus in a prefusion conformation
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.2 Å

PDB-6y68:
Structure of Maporal virus envelope glycoprotein Gc in postfusion conformation
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.4 Å

PDB-6y6p:
Structure of Hantaan virus envelope glycoprotein Gn
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.938 Å

PDB-6y6q:
Structure of Andes virus envelope glycoprotein Gc in postfusion conformation
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.7 Å

PDB-6yrb:
Crystal structure of the tetramerization domain of the glycoprotein Gn (Andes virus) at pH 7.5
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.351 Å

PDB-6yrq:
Crystal structure of the tetramerization domain of the glycoprotein Gn (Andes virus) at pH 4.6
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.902 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-CD:
Unknown entry

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

ChemComp-IOD:
IODIDE ION / ヨ-ジド

ChemComp-MPD:
(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 沈殿剤*YM

由来
  • tula orthohantavirus (ウイルス)
  • andes orthohantavirus (ウイルス)
  • maporal virus (ウイルス)
  • hantaan orthohantavirus (ウイルス)
  • drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
キーワードVIRAL PROTEIN / class-II fusion protein hantavirus bunyavirus prefusion complex / class-II fusion protein hantavirus bunyavirus / prefusion complex / postfusion conformation / Hantavirus / Tula / Andes / TULV / ANDV / glycoprotein / lattice / spike / fusion protein

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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