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タイトルThe endoplasmic reticulum P5A-ATPase is a transmembrane helix dislocase.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 369, Issue 6511, Year 2020
掲載日2020年9月25日
著者Michael J McKenna / Sue Im Sim / Alban Ordureau / Lianjie Wei / J Wade Harper / Sichen Shao / Eunyong Park /
PubMed 要旨Organelle identity depends on protein composition. How mistargeted proteins are selectively recognized and removed from organelles is incompletely understood. Here, we found that the orphan P5A- ...Organelle identity depends on protein composition. How mistargeted proteins are selectively recognized and removed from organelles is incompletely understood. Here, we found that the orphan P5A-adenosine triphosphatase (ATPase) transporter ATP13A1 (Spf1 in yeast) directly interacted with the transmembrane segment (TM) of mitochondrial tail-anchored proteins. P5A-ATPase activity mediated the extraction of mistargeted proteins from the endoplasmic reticulum (ER). Cryo-electron microscopy structures of Spf1 revealed a large, membrane-accessible substrate-binding pocket that alternately faced the ER lumen and cytosol and an endogenous substrate resembling an α-helical TM. Our results indicate that the P5A-ATPase could dislocate misinserted hydrophobic helices flanked by short basic segments from the ER. TM dislocation by the P5A-ATPase establishes an additional class of P-type ATPase substrates and may correct mistakes in protein targeting or topogenesis.
リンクScience / PubMed:32973005 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.3 - 3.7 Å
構造データ

22260

6xmp

EMDB-22260, PDB-6xmp:
Structure of P5A-ATPase Spf1, Apo form
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

22261

6xmq

EMDB-22261, PDB-6xmq:
Structure of P5A-ATPase Spf1, AMP-PCP-bound form
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

22262

6xms

EMDB-22262, PDB-6xms:
Structure of P5A-ATPase Spf1, AlF4-bound form
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

22263

6xmt

EMDB-22263, PDB-6xmt:
Structure of P5A-ATPase Spf1, BeF3-bound form
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

22264

6xmu

EMDB-22264, PDB-6xmu:
Structure of P5A-ATPase Spf1, endogenous substrate-bound
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

化合物

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

ChemComp-ACP:
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / β,γ-メチレンATP / AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ALF:
TETRAFLUOROALUMINATE ION / テトラフルオロアルミナ-ト

ChemComp-BEF:
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

由来
  • Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
  • saccharomyces cerevisiae (strain atcc 204508 / s288c) (パン酵母)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / P-type ATPase / transmembrane helix dislocase / protein quality control / endoplasmic reticulum

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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