[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルCryo-EM structures of excitatory amino acid transporter 3 visualize coupled substrate, sodium, and proton binding and transport.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 7, Issue 10, Year 2021
掲載日2021年3月3日
著者Biao Qiu / Doreen Matthies / Eva Fortea / Zhiheng Yu / Olga Boudker /
PubMed 要旨Human excitatory amino acid transporter 3 (hEAAT3) mediates glutamate uptake in neurons, intestine, and kidney. Here, we report cryo-EM structures of hEAAT3 in several functional states where the ...Human excitatory amino acid transporter 3 (hEAAT3) mediates glutamate uptake in neurons, intestine, and kidney. Here, we report cryo-EM structures of hEAAT3 in several functional states where the transporter is empty, bound to coupled sodium ions only, or fully loaded with three sodium ions, a proton, and the substrate aspartate. The structures suggest that hEAAT3 operates by an elevator mechanism involving three functionally independent subunits. When the substrate-binding site is near the cytoplasm, it has a remarkably low affinity for the substrate, perhaps facilitating its release and allowing the rapid transport turnover. The mechanism of the coupled uptake of the sodium ions and the substrate is conserved across evolutionarily distant families and is augmented by coupling to protons in EAATs. The structures further suggest a mechanism by which a conserved glutamate residue mediates proton symport.
リンクSci Adv / PubMed:33658209 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.85 - 3.71 Å
構造データ

22011

6x2l

EMDB-22011, PDB-6x2l:
hEAAT3-IFS-Na
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.85 Å

22014

6x2z

EMDB-22014, PDB-6x2z:
hEAAT3-OFS-Asp
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.03 Å

22020

6x3e

EMDB-22020, PDB-6x3e:
hEAAT3-Asymmetric-1o2i
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.42 Å

22021

6x3f

EMDB-22021, PDB-6x3f:
hEAAT3-IFS-Apo
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.03 Å

EMDB-22022:
hEAAT3-IFS-in10mMGlu
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.96 Å

EMDB-22023:
hEAAT3-IFS-in250mM-KCl
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.85 Å

EMDB-22024:
hEAAT3-Asymmetric-2o1i-in20mM-Asp
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.71 Å

化合物

ChemComp-ASP:
ASPARTIC ACID / アスパラギン酸

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

ChemComp-CHT:
CHOLINE ION / コリン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / humant Excitatory amino acid transporter 3 / hEAAT3 outward-facing / full-bound / Asymmetric / Outward-facing bound / Inward-facing open / hEAAT3 inward-facing Apo state

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る