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タイトルCryo-EM Reveals Unanchored M1-Ubiquitin Chain Binding at hRpn11 of the 26S Proteasome.
ジャーナル・号・ページStructure, Vol. 28, Issue 11, Page 1206-11217.e4, Year 2020
掲載日2020年11月3日
著者Xiang Chen / Zachary Dorris / Dan Shi / Rick K Huang / Htet Khant / Tara Fox / Natalia de Val / Dewight Williams / Ping Zhang / Kylie J Walters /
PubMed 要旨The 26S proteasome is specialized for regulated protein degradation and formed by a dynamic regulatory particle (RP) that caps a hollow cylindrical core particle (CP) where substrates are proteolyzed. ...The 26S proteasome is specialized for regulated protein degradation and formed by a dynamic regulatory particle (RP) that caps a hollow cylindrical core particle (CP) where substrates are proteolyzed. Its diverse substrates unify as proteasome targets by ubiquitination. We used cryogenic electron microscopy (cryo-EM) to study how human 26S proteasome interacts with M1-linked hexaubiquitin (M1-Ub) unanchored to a substrate and E3 ubiquitin ligase E6AP/UBE3A. Proteasome structures are available with model substrates extending through the RP ATPase ring and substrate-conjugated K63-linked ubiquitin chains present at inhibited deubiquitinating enzyme hRpn11 and the nearby ATPase hRpt4/hRpt5 coiled coil. In this study, we find M1-Ub at the hRpn11 site despite the absence of conjugated substrate, indicating that ubiquitin binding at this location does not require substrate interaction with the RP. Moreover, unanchored M1-Ub binds to this hRpn11 site of the proteasome with the CP gating residues in both the closed and opened conformational states.
リンクStructure / PubMed:32783951 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度4.1 - 6.75 Å
構造データ

21691

6wjd

EMDB-21691, PDB-6wjd:
SA-like state of human 26S Proteasome with non-cleavable M1-linked hexaubiquitin and E3 ubiquitin ligase E6AP/UBE3A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.8 Å

21696

6wjn

EMDB-21696, PDB-6wjn:
SD-like state of human 26S Proteasome with non-cleavable M1-linked hexaubiquitin and E3 ubiquitin ligase E6AP/UBE3A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.7 Å

EMDB-21697:
SA-like state of human 26S proteasome in complex with non-cleavable M1-linked hexaubiquitin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.8 Å

EMDB-21698:
SD-like state of human 26S proteasome in complex with non-cleavable M1-linked hexaubiquitin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.96 Å

EMDB-21699:
SA-like state of human 26S proteasome in complex with non-cleavable M1-linked hexaubiquitin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.75 Å

EMDB-21700:
SD-like state of human 26S proteasome in complex with non-cleavable M1-linked hexaubiquitin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.47 Å

EMDB-21704:
Global map of human 26S Proteasome with non-cleavable M1-linked hexaubiquitin and E3 ubiquitin ligase E6AP/UBE3A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-AGS:
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-γ-S / ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードHYDROLASE/PROTEIN BINDING / 26S protease / ubiquitin / complex / subunit / HYDROLASE-PROTEIN BINDING complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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