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タイトルVSV-Displayed HIV-1 Envelope Identifies Broadly Neutralizing Antibodies Class-Switched to IgG and IgA.
ジャーナル・号・ページCell Host Microbe, Vol. 27, Issue 6, Page 963-975.e5, Year 2020
掲載日2020年6月10日
著者Manxue Jia / Rachel A Liberatore / Yicheng Guo / Kun-Wei Chan / Ruimin Pan / Hong Lu / Eric Waltari / Eva Mittler / Kartik Chandran / Andrés Finzi / Daniel E Kaufmann / Michael S Seaman / David D Ho / Lawrence Shapiro / Zizhang Sheng / Xiang-Peng Kong / Paul D Bieniasz / Xueling Wu /
PubMed 要旨The HIV-1 envelope (Env) undergoes conformational changes during infection. Broadly neutralizing antibodies (bNAbs) are typically isolated by using soluble Env trimers, which do not capture all Env ...The HIV-1 envelope (Env) undergoes conformational changes during infection. Broadly neutralizing antibodies (bNAbs) are typically isolated by using soluble Env trimers, which do not capture all Env states. To address these limitations, we devised a vesicular stomatitis virus (VSV)-based probe to display membrane-embedded Env trimers and isolated five bNAbs from two chronically infected donors, M4008 and M1214. Donor B cell receptor (BCR) repertoires identified two bNAb lineages, M4008_N1 and M1214_N1, that class-switched to immunoglobulin G (IgG) and IgA. Variants of these bNAbs reconstituted as IgA demonstrated broadly neutralizing activity, and the IgA fraction of M1214 plasma conferred neutralization. M4008_N1 epitope mapping revealed a glycan-independent V3 epitope conferring tier 2 virus neutralization. A 4.86-Å-resolution cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structure of M1214_N1 complexed with CH505 SOSIP revealed another elongated epitope, the V2V5 corridor, extending from V2 to V5. Overall, the VSV probe identified bNAb lineages with neutralizing IgG and IgA members targeting distinct sites of HIV-1 Env vulnerability.
リンクCell Host Microbe / PubMed:32315598 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.19 - 4.86 Å
構造データ

21456

6vy2

EMDB-21456, PDB-6vy2:
Cryo-EM structure of M1214_N1 Fab in complex with CH505 TF chimeric SOSIP.664 Env trimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.86 Å

PDB-6vu2:
M1214_N1 Fab structure
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.19 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

由来
  • human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
  • human immunodeficiency virus (ヒト免疫不全ウイルス)
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody / gp120 / Cryo-EM / broadly neutralizing antibody / bNAb / Fab / human immunodeficiency virus / HIV-1 / CH505 / SOSIP / Env

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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