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Structure paper

タイトルA conformational switch in response to Chi converts RecBCD from phage destruction to DNA repair.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 27, Issue 1, Page 71-77, Year 2020
掲載日2020年1月6日
著者Kaiying Cheng / Martin Wilkinson / Yuriy Chaban / Dale B Wigley /
PubMed 要旨The RecBCD complex plays key roles in phage DNA degradation, CRISPR array acquisition (adaptation) and host DNA repair. The switch between these roles is regulated by a DNA sequence called Chi. We ...The RecBCD complex plays key roles in phage DNA degradation, CRISPR array acquisition (adaptation) and host DNA repair. The switch between these roles is regulated by a DNA sequence called Chi. We report cryo-EM structures of the Escherichia coli RecBCD complex bound to several different DNA forks containing a Chi sequence, including one in which Chi is recognized and others in which it is not. The Chi-recognized structure shows conformational changes in regions of the protein that contact Chi and reveals a tortuous path taken by the DNA. Sequence specificity arises from interactions with both the RecC subunit and the sequence itself. These structures provide molecular details for how Chi is recognized and insights into the changes that occur in response to Chi binding that switch RecBCD from bacteriophage destruction and CRISPR spacer acquisition to constructive host DNA repair.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:31907455 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.6 - 4.1 Å
構造データ

10214

6sjb

EMDB-10214, PDB-6sjb:
Cryo-EM structure of the RecBCD Chi recognised complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

10215

6sje

EMDB-10215, PDB-6sje:
Cryo-EM structure of the RecBCD Chi partially-recognised complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

10216

6sjf

EMDB-10216, PDB-6sjf:
Cryo-EM structure of the RecBCD Chi unrecognised complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

10217

6sjg

EMDB-10217, PDB-6sjg:
Cryo-EM structure of the RecBCD no Chi negative control complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

10369

6t2u

EMDB-10369, PDB-6t2u:
Cryo-EM structure of the RecBCD in complex with Chi-minus2 substrate
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

10370

6t2v

EMDB-10370, PDB-6t2v:
Cryo-EM structure of the RecBCD in complex with Chi-plus2 substrate
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

由来
  • escherichia coli (大腸菌)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードHYDROLASE / DNA repair / Homologous recombination / ATP hydrolysis / Helicase / Nuclease / translocation

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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