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タイトルAn ultra-stable gold-coordinated protein cage displaying reversible assembly.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 569, Issue 7756, Page 438-442, Year 2019
掲載日2019年5月8日
著者Ali D Malay / Naoyuki Miyazaki / Artur Biela / Soumyananda Chakraborti / Karolina Majsterkiewicz / Izabela Stupka / Craig S Kaplan / Agnieszka Kowalczyk / Bernard M A G Piette / Georg K A Hochberg / Di Wu / Tomasz P Wrobel / Adam Fineberg / Manish S Kushwah / Mitja Kelemen / Primož Vavpetič / Primož Pelicon / Philipp Kukura / Justin L P Benesch / Kenji Iwasaki / Jonathan G Heddle /
PubMed 要旨Symmetrical protein cages have evolved to fulfil diverse roles in nature, including compartmentalization and cargo delivery, and have inspired synthetic biologists to create novel protein assemblies ...Symmetrical protein cages have evolved to fulfil diverse roles in nature, including compartmentalization and cargo delivery, and have inspired synthetic biologists to create novel protein assemblies via the precise manipulation of protein-protein interfaces. Despite the impressive array of protein cages produced in the laboratory, the design of inducible assemblies remains challenging. Here we demonstrate an ultra-stable artificial protein cage, the assembly and disassembly of which can be controlled by metal coordination at the protein-protein interfaces. The addition of a gold (I)-triphenylphosphine compound to a cysteine-substituted, 11-mer protein ring triggers supramolecular self-assembly, which generates monodisperse cage structures with masses greater than 2 MDa. The geometry of these structures is based on the Archimedean snub cube and is, to our knowledge, unprecedented. Cryo-electron microscopy confirms that the assemblies are held together by 120 S-Au-S staples between the protein oligomers, and exist in two chiral forms. The cage shows extreme chemical and thermal stability, yet it readily disassembles upon exposure to reducing agents. As well as gold, mercury(II) is also found to enable formation of the protein cage. This work establishes an approach for linking protein components into robust, higher-order structures, and expands the design space available for supramolecular assemblies to include previously unexplored geometries.
リンクNature / PubMed:31068697
手法EM (単粒子)
解像度3.7 - 5.9 Å
構造データ

4443

6rvv

EMDB-4443, PDB-6rvv:
Structure of left-handed protein cage consisting of 24 eleven-membered ring proteins held together by gold (I) bridges.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

4444

6rvw

EMDB-4444, PDB-6rvw:
Structure of right-handed protein cage consisting of 24 eleven-membered ring proteins held together by gold (I) bridges.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-6966:
Structure of protein cage consisting of 24 eleven-membered ring proteins induced by addition of gold nanoparticle (GNP)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.9 Å

化合物

ChemComp-AU:
Unknown entry

由来
  • geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
キーワードRNA BINDING PROTEIN / TRAP; protein cage; gold binding; snub cube

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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