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タイトルCryo-EM structure of the complete E. coli DNA gyrase nucleoprotein complex.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 10, Issue 1, Page 4935, Year 2019
掲載日2019年10月30日
著者Arnaud Vanden Broeck / Christophe Lotz / Julio Ortiz / Valérie Lamour /
PubMed 要旨DNA gyrase is an essential enzyme involved in the homeostatic control of DNA supercoiling and the target of successful antibacterial compounds. Despite extensive studies, a detailed architecture of ...DNA gyrase is an essential enzyme involved in the homeostatic control of DNA supercoiling and the target of successful antibacterial compounds. Despite extensive studies, a detailed architecture of the full-length DNA gyrase from the model organism E. coli is still missing. Herein, we report the complete structure of the E. coli DNA gyrase nucleoprotein complex trapped by the antibiotic gepotidacin, using phase-plate single-particle cryo-electron microscopy. Our data unveil the structural and spatial organization of the functional domains, their connections and the position of the conserved GyrA-box motif. The deconvolution of two states of the DNA-binding/cleavage domain provides a better understanding of the allosteric movements of the enzyme complex. The local atomic resolution in the DNA-bound area reaching up to 3.0 Å enables the identification of the antibiotic density. Altogether, this study paves the way for the cryo-EM determination of gyrase complexes with antibiotics and opens perspectives for targeting conformational intermediates.
リンクNat Commun / PubMed:31666516 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度4.0 - 6.6 Å
構造データ

4909

6rks

EMDB-4909, PDB-6rks:
E. coli DNA Gyrase - DNA binding and cleavage domain in State 1 without TOPRIM insertion
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

4910

6rku

EMDB-4910, PDB-6rku:
E. coli DNA Gyrase - DNA binding and cleavage domain in State 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

4912

6rkv

EMDB-4912, PDB-6rkv:
E. coli DNA Gyrase - DNA binding and cleavage domain in State 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.6 Å

4913

6rkw

EMDB-4913, PDB-6rkw:
CryoEM structure of the complete E. coli DNA Gyrase complex bound to a 130 bp DNA duplex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.6 Å

EMDB-4914:
E. coli DNA Gyrase - ATPase & DNA binding and cleavage domains
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.9 Å

EMDB-4915:
E. coli DNA Gyrase - CTD & DNA binding and cleavage domain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.3 Å

化合物

ChemComp-JHN:
(3~{R})-3-[[4-(3,4-dihydro-2~{H}-pyrano[2,3-c]pyridin-6-ylmethylamino)piperidin-1-yl]methyl]-1,4,7-triazatricyclo[6.3.1.0^{4,12}]dodeca-6,8(12),9-triene-5,11-dione / 抗生剤, 阻害剤*YM

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

由来
  • escherichia coli k-12 (大腸菌)
  • Escherichia coli O157:H7 str. SS52 (大腸菌)
  • escherichia coli (大腸菌)
  • escherichia coli (strain k12) (大腸菌)
キーワードISOMERASE / Complex / DNA Gyrase / Inhibitor / DNA BINDING PROTEIN

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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