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タイトルThe structural basis of lipid scrambling and inactivation in the endoplasmic reticulum scramblase TMEM16K.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 10, Issue 1, Page 3956, Year 2019
掲載日2019年9月2日
著者Simon R Bushell / Ashley C W Pike / Maria E Falzone / Nils J G Rorsman / Chau M Ta / Robin A Corey / Thomas D Newport / John C Christianson / Lara F Scofano / Chitra A Shintre / Annamaria Tessitore / Amy Chu / Qinrui Wang / Leela Shrestha / Shubhashish M M Mukhopadhyay / James D Love / Nicola A Burgess-Brown / Rebecca Sitsapesan / Phillip J Stansfeld / Juha T Huiskonen / Paolo Tammaro / Alessio Accardi / Elisabeth P Carpenter /
PubMed 要旨Membranes in cells have defined distributions of lipids in each leaflet, controlled by lipid scramblases and flip/floppases. However, for some intracellular membranes such as the endoplasmic ...Membranes in cells have defined distributions of lipids in each leaflet, controlled by lipid scramblases and flip/floppases. However, for some intracellular membranes such as the endoplasmic reticulum (ER) the scramblases have not been identified. Members of the TMEM16 family have either lipid scramblase or chloride channel activity. Although TMEM16K is widely distributed and associated with the neurological disorder autosomal recessive spinocerebellar ataxia type 10 (SCAR10), its location in cells, function and structure are largely uncharacterised. Here we show that TMEM16K is an ER-resident lipid scramblase with a requirement for short chain lipids and calcium for robust activity. Crystal structures of TMEM16K show a scramblase fold, with an open lipid transporting groove. Additional cryo-EM structures reveal extensive conformational changes from the cytoplasmic to the ER side of the membrane, giving a state with a closed lipid permeation pathway. Molecular dynamics simulations showed that the open-groove conformation is necessary for scramblase activity.
リンクNat Commun / PubMed:31477691 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度3.2 - 5.14 Å
構造データ

4746

6r7x

EMDB-4746, PDB-6r7x:
CryoEM structure of calcium-bound human TMEM16K / Anoctamin 10 in detergent (2mM Ca2+, closed form)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.47 Å

4747

6r7y

EMDB-4747, PDB-6r7y:
CryoEM structure of calcium-bound human TMEM16K / Anoctamin 10 in detergent (low Ca2+, closed form)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

4748

6r7z

EMDB-4748, PDB-6r7z:
CryoEM structure of calcium-free human TMEM16K / Anoctamin 10 in detergent (closed form)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.14 Å

PDB-5oc9:
Crystal Structure of human TMEM16K / Anoctamin 10
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.2 Å

PDB-6r65:
Crystal Structure of human TMEM16K / Anoctamin 10 (Form 2)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.5 Å

化合物

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-79M:
(2R)-2,3-dihydroxypropyl (7Z)-hexadec-7-enoate

ChemComp-HOH:
WATER / 水

ChemComp-PC1:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM / ホスファチジルコリン

ChemComp-UMQ:
UNDECYL-MALTOSIDE / ウンデシルβ-マルトシド / 可溶化剤*YM

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードLIPID TRANSPORT / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / CALCIUM ACTIVATION / TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Structural Genomics Consortium / SGC

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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