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タイトルMechanism of 5' splice site transfer for human spliceosome activation.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 364, Issue 6438, Page 362-367, Year 2019
掲載日2019年4月26日
著者Clément Charenton / Max E Wilkinson / Kiyoshi Nagai /
PubMed 要旨The prespliceosome, comprising U1 and U2 small nuclear ribonucleoproteins (snRNPs) bound to the precursor messenger RNA 5' splice site (5'SS) and branch point sequence, associates with the U4/U6.U5 ...The prespliceosome, comprising U1 and U2 small nuclear ribonucleoproteins (snRNPs) bound to the precursor messenger RNA 5' splice site (5'SS) and branch point sequence, associates with the U4/U6.U5 tri-snRNP to form the fully assembled precatalytic pre-B spliceosome. Here, we report cryo-electron microscopy structures of the human pre-B complex captured before U1 snRNP dissociation at 3.3-angstrom core resolution and the human tri-snRNP at 2.9-angstrom resolution. U1 snRNP inserts the 5'SS-U1 snRNA helix between the two RecA domains of the Prp28 DEAD-box helicase. Adenosine 5'-triphosphate-dependent closure of the Prp28 RecA domains releases the 5'SS to pair with the nearby U6 ACAGAGA-box sequence presented as a mobile loop. The structures suggest that formation of the 5'SS-ACAGAGA helix triggers remodeling of an intricate protein-RNA network to induce Brr2 helicase relocation to its loading sequence in U4 snRNA, enabling Brr2 to unwind the U4/U6 snRNA duplex to allow U6 snRNA to form the catalytic center of the spliceosome.
リンクScience / PubMed:30975767 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.9 - 28.0 Å
構造データ

4658

6qw6

EMDB-4658, PDB-6qw6:
Structure of the human U5.U4/U6 tri-snRNP at 2.9A resolution.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.92 Å

4665

6qx9

EMDB-4665, PDB-6qx9:
Structure of a human fully-assembled precatalytic spliceosome (pre-B complex).
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.28 Å

EMDB-4672:
Human U5.U4/U6 tri-snRNP, multi-body refinement, Brr2 map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.11 Å

EMDB-4673:
Human U5.U4/U6 tri-snRNP, multi-body refinement, core map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-4674:
Human U5.U4/U6 tri-snRNP, multi-body refinement, foot map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-4675:
Human U5.U4/U6 tri-snRNP, multi-body refinement, U4 core map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-4676:
Human U5.U4/U6 tri-snRNP, multi-body refinement, Prp4 map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.38 Å

EMDB-4686:
Human U5.U4/U6 tri-snRNP, refined after focused classification on Prp28
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.98 Å

EMDB-4687:
Human fully assembled spliceosome (pre-B complex), overall map with stable U1 snRNP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.45 Å

EMDB-4688:
Human fully assembled spliceosome (pre-B complex), core map after focused classification on Prp4 kinase
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.19 Å

EMDB-4689:
Human fully assembled spliceosome (pre-B complex), focused refinement on U1 snRNP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 28.0 Å

EMDB-4690:
Human fully assembled spliceosome (pre-B complex), focused refinement on SF3B
手法: EM (単粒子) / 解像度: 27.0 Å

化合物

ChemComp-IHP:
INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / フィチン酸

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • Human (ヒト)
  • human adenovirus 2 (ヒトアデノウイルス)
キーワードSPLICING / RNP complex / RNA / protein / spliceosome

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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