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タイトルCryo-EM structures and functional characterization of the murine lipid scramblase TMEM16F.
ジャーナル・号・ページElife, Vol. 8, Year 2019
掲載日2019年2月20日
著者Carolina Alvadia / Novandy K Lim / Vanessa Clerico Mosina / Gert T Oostergetel / Raimund Dutzler / Cristina Paulino /
PubMed 要旨The lipid scramblase TMEM16F initiates blood coagulation by catalyzing the exposure of phosphatidylserine in platelets. The protein is part of a family of membrane proteins, which encompasses calcium- ...The lipid scramblase TMEM16F initiates blood coagulation by catalyzing the exposure of phosphatidylserine in platelets. The protein is part of a family of membrane proteins, which encompasses calcium-activated channels for ions and lipids. Here, we reveal features of murine TMEM16F (mTMEM16F) that underlie its function as a lipid scramblase and an ion channel. The cryo-EM data of mTMEM16F in absence and presence of Ca define the ligand-free closed conformation of the protein and the structure of a Ca-bound intermediate. Both conformations resemble their counterparts of the scrambling-incompetent anion channel mTMEM16A, yet with distinct differences in the region of ion and lipid permeation. In conjunction with functional data, we demonstrate the relationship between ion conduction and lipid scrambling. Although activated by a common mechanism, both functions appear to be mediated by alternate protein conformations that are at equilibrium in the ligand-bound state.
リンクElife / PubMed:30785399 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.2 - 3.6 Å
構造データ

4611

6qp6

EMDB-4611, PDB-6qp6:
Cryo-EM structure of calcium-bound mTMEM16F lipid scramblase in digitonin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

4612

6qpb

EMDB-4612, PDB-6qpb:
Cryo-EM structure of calcium-free mTMEM16F lipid scramblase in digitonin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

4613

6qpc

EMDB-4613, PDB-6qpc:
Cryo-EM structure of calcium-bound mTMEM16F lipid scramblase in nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

4614

6qpi

EMDB-4614, PDB-6qpi:
Cryo-EM structure of calcium-free mTMEM16F lipid scramblase in nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

化合物

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-P1O:
1,2-DIDECANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / ジデカノイルホスファチジルコリン / DDPC, リン脂質*YM

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / lipid scrambles / TMEM16

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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