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タイトルDiscovery of a Regulatory Subunit of the Yeast Fatty Acid Synthase.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 180, Issue 6, Page 1130-1143.e20, Year 2020
掲載日2020年3月19日
著者Kashish Singh / Benjamin Graf / Andreas Linden / Viktor Sautner / Henning Urlaub / Kai Tittmann / Holger Stark / Ashwin Chari /
PubMed 要旨Fatty acid synthases (FASs) are central to metabolism but are also of biotechnological interest for the production of fine chemicals and biofuels from renewable resources. During fatty acid ...Fatty acid synthases (FASs) are central to metabolism but are also of biotechnological interest for the production of fine chemicals and biofuels from renewable resources. During fatty acid synthesis, the growing fatty acid chain is thought to be shuttled by the dynamic acyl carrier protein domain to several enzyme active sites. Here, we report the discovery of a γ subunit of the 2.6 megadalton α-βS. cerevisiae FAS, which is shown by high-resolution structures to stabilize a rotated FAS conformation and rearrange ACP domains from equatorial to axial positions. The γ subunit spans the length of the FAS inner cavity, impeding reductase activities of FAS, regulating NADPH turnover by kinetic hysteresis at the ketoreductase, and suppressing off-pathway reactions at the enoylreductase. The γ subunit delineates the functional compartment within FAS. As a scaffold, it may be exploited to incorporate natural and designed enzymatic activities that are not present in natural FAS.
リンクCell / PubMed:32160528
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.8 - 4.6 Å
構造データ

4577

6ql5

EMDB-4577, PDB-6ql5:
Structure of fatty acid synthase complex with bound gamma subunit from Saccharomyces cerevisiae at 2.8 angstrom
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

4578

6ql6

EMDB-4578, PDB-6ql6:
Structure of Fatty acid synthase complex from Saccharomyces cerevisiae at 2.9 Angstrom
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

PDB-6ql7:
Structure of fatty acid synthase complex with bound gamma subunit from Saccharomyces cerevisiae at 4.6 angstrom
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 4.6 Å

PDB-6ql9:
Structure of Fatty acid synthase complex from Saccharomyces cerevisiae at 2.9 Angstrom
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.82 Å

化合物

ChemComp-PNS:
4'-PHOSPHOPANTETHEINE / パンテテイン4′-りん酸

ChemComp-FMN:
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / FMN

ChemComp-J8T:
[(3~{R})-4-azanyl-2,2-dimethyl-3-oxidanyl-4-oxidanylidene-butyl] dihydrogen phosphate

ChemComp-EDO:
1,2-ETHANEDIOL / エチレングリコ-ル

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

ChemComp-A2P:
ADENOSINE-2'-5'-DIPHOSPHATE / 2′,5′-ADP

ChemComp-ACT:
ACETATE ION / 酢酸イオン

ChemComp-PGE:
TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル

ChemComp-MLI:
MALONATE ION / マロナ-ト

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
  • Baker's yeast (パン酵母)
  • saccharomyces cerevisiae (strain atcc 204508 / s288c) (パン酵母)
キーワードTRANSFERASE / Fatty acid synthase / Acyl carrier protein / Ketosynthase / Ketoreductase / Enoyl reductase / Dehydratase / Malonyl/palmitoyl transferase / Acetyl transferase / Phosphopantetheine transferase

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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