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タイトルCryo-EM structure of the deltaretroviral intasome in complex with the PP2A regulatory subunit B56γ.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 11, Issue 1, Page 5043, Year 2020
掲載日2020年10月7日
著者Michał S Barski / Jordan J Minnell / Zuzana Hodakova / Valerie E Pye / Andrea Nans / Peter Cherepanov / Goedele N Maertens /
PubMed 要旨Human T-cell lymphotropic virus type 1 (HTLV-1) is a deltaretrovirus and the most oncogenic pathogen. Many of the ~20 million HTLV-1 infected people will develop severe leukaemia or an ALS-like motor ...Human T-cell lymphotropic virus type 1 (HTLV-1) is a deltaretrovirus and the most oncogenic pathogen. Many of the ~20 million HTLV-1 infected people will develop severe leukaemia or an ALS-like motor disease, unless a therapy becomes available. A key step in the establishment of infection is the integration of viral genetic material into the host genome, catalysed by the retroviral integrase (IN) enzyme. Here, we use X-ray crystallography and single-particle cryo-electron microscopy to determine the structure of the functional deltaretroviral IN assembled on viral DNA ends and bound to the B56γ subunit of its human host factor, protein phosphatase 2 A. The structure reveals a tetrameric IN assembly bound to two molecules of the phosphatase via a conserved short linear motif. Insight into the deltaretroviral intasome and its interaction with the host will be crucial for understanding the pattern of integration events in infected individuals and therefore bears important clinical implications.
リンクNat Commun / PubMed:33028863 / PubMed Central
手法X線回折 / EM (単粒子)
解像度1.8 - 3.34 Å
構造データ

PDB-6qbt:
Structure of the HTLV-2 integrase catalytic core domain in complex with magnesium (trimeric form)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.29 Å

PDB-6qbv:
Structure of the HTLV-2 integrase catalytic core domain in complex with magnesium (dimeric form)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.45 Å

PDB-6qbw:
Structure of the HTLV-2 integrase catalytic core domain in complex with calcium
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.4 Å

PDB-6tju:
X-ray structure of C-terminal domain of human T-cell lymphotropic virus type 1 (HTLV-1)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-6toq:
Crystal structure of a PP2A B56y/HTLV-1 integrase complex
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.164 Å

PDB-7pel:
CryoEM structure of simian T-cell lymphotropic virus intasome in complex with PP2A regulatory subunit B56 gamma
手法: ELECTRON MICROSCOPY / 解像度: 3.34 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • human t-cell leukemia virus 2 (ウイルス)
  • human t-cell leukemia virus type i (ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
  • simian t-lymphotropic virus 1 (ウイルス)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードTRANSFERASE / retrovirus / deltaretrovirus / integration / strand-transfer / nucleotidyltransferase / HTLV-1 / integrase / DNA-binding / SIGNALING PROTEIN / Phosphatase / complex / SLiM / dephosphorylation / cell signalling / motif mimicry / VIRAL PROTEIN / PP2A / B56 / molecular mimicry / host factor

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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