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タイトルCyclin A2 degradation during the spindle assembly checkpoint requires multiple binding modes to the APC/C.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 10, Issue 1, Page 3863, Year 2019
掲載日2019年8月27日
著者Suyang Zhang / Thomas Tischer / David Barford /
PubMed 要旨The anaphase-promoting complex/cyclosome (APC/C) orchestrates cell cycle progression by controlling the temporal degradation of specific cell cycle regulators. Although cyclin A2 and cyclin B1 are ...The anaphase-promoting complex/cyclosome (APC/C) orchestrates cell cycle progression by controlling the temporal degradation of specific cell cycle regulators. Although cyclin A2 and cyclin B1 are both targeted for degradation by the APC/C, during the spindle assembly checkpoint (SAC), the mitotic checkpoint complex (MCC) represses APC/C's activity towards cyclin B1, but not cyclin A2. Through structural, biochemical and in vivo analysis, we identify a non-canonical D box (D2) that is critical for cyclin A2 ubiquitination in vitro and degradation in vivo. During the SAC, cyclin A2 is ubiquitinated by the repressed APC/C-MCC, mediated by the cooperative engagement of its KEN and D2 boxes, ABBA motif, and the cofactor Cks. Once the SAC is satisfied, cyclin A2 binds APC/C-Cdc20 through two mutually exclusive binding modes, resulting in differential ubiquitination efficiency. Our findings reveal that a single substrate can engage an E3 ligase through multiple binding modes, affecting its degradation timing and efficiency.
リンクNat Commun / PubMed:31455778 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.2 - 3.7 Å
構造データ

EMDB-4463:
Cryo-EM reconstruction of the APC/C-MCC-Cdk2-cyclinA2-Cks2 complex in the open conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-4464:
Cryo-EM reconstruction of the APC/C-MCC-Cdk2-cyclinA2-Cks2 complex in the closed conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

4465

6q6g

EMDB-4465, PDB-6q6g:
Cryo-EM structure of the APC/C-Cdc20-Cdk2-cyclinA2-Cks2 complex, the D1 box class
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

4466

6q6h

EMDB-4466, PDB-6q6h:
Cryo-EM structure of the APC/C-Cdc20-Cdk2-cyclinA2-Cks2 complex, the D2 box class
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-4467:
Cryo-EM structure of the APC/C-Cdc20-Cdk2-cyclinA2delD1-Cks2 complex (with the D1 box mutated)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードCELL CYCLE (細胞周期) / spindle assembly checkpoint (紡錘体チェックポイント) / anaphase-promoting complex (後期促進複合体) / cyclin (サイクリン) / ubiquitination (ユビキチン)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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