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タイトルAction of a minimal contractile bactericidal nanomachine.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 580, Issue 7805, Page 658-662, Year 2020
掲載日2020年4月15日
著者Peng Ge / Dean Scholl / Nikolai S Prokhorov / Jaycob Avaylon / Mikhail M Shneider / Christopher Browning / Sergey A Buth / Michel Plattner / Urmi Chakraborty / Ke Ding / Petr G Leiman / Jeff F Miller / Z Hong Zhou /
PubMed 要旨R-type bacteriocins are minimal contractile nanomachines that hold promise as precision antibiotics. Each bactericidal complex uses a collar to bridge a hollow tube with a contractile sheath loaded ...R-type bacteriocins are minimal contractile nanomachines that hold promise as precision antibiotics. Each bactericidal complex uses a collar to bridge a hollow tube with a contractile sheath loaded in a metastable state by a baseplate scaffold. Fine-tuning of such nucleic acid-free protein machines for precision medicine calls for an atomic description of the entire complex and contraction mechanism, which is not available from baseplate structures of the (DNA-containing) T4 bacteriophage. Here we report the atomic model of the complete R2 pyocin in its pre-contraction and post-contraction states, each containing 384 subunits of 11 unique atomic models of 10 gene products. Comparison of these structures suggests the following sequence of events during pyocin contraction: tail fibres trigger lateral dissociation of baseplate triplexes; the dissociation then initiates a cascade of events leading to sheath contraction; and this contraction converts chemical energy into mechanical force to drive the iron-tipped tube across the bacterial cell surface, killing the bacterium.
リンクNature / PubMed:32350467 / PubMed Central
手法EM (らせん対称) / EM (単粒子) / X線回折
解像度2.102 - 4.0 Å
構造データ

20526

6pyt

EMDB-20526, PDB-6pyt:
CryoEM Structure of Pyocin R2 - precontracted - trunk
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.9 Å

20643

6u5b

EMDB-20643, PDB-6u5b:
CryoEM Structure of Pyocin R2 - precontracted - baseplate
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

20644

6u5f

EMDB-20644, PDB-6u5f:
CryoEM Structure of Pyocin R2 - precontracted - collar
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

20646

6u5h

EMDB-20646, PDB-6u5h:
CryoEM Structure of Pyocin R2 - precontracted - hub
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

20647

6u5j

EMDB-20647, PDB-6u5j:
CryoEM Structure of Pyocin R2 - postcontracted - collar
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

20648

6u5k

EMDB-20648, PDB-6u5k:
CryoEM Structure of Pyocin R2 - postcontracted - baseplate
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

PDB-5ces:
C-terminal domain of the R-type pyocin baseplate protein PA0618
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.102 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER / 水

由来
  • pseudomonas aeruginosa pao1 (緑膿菌)
  • pseudomonas aeruginosa (strain atcc 15692 / dsm 22644 / cip 104116 / jcm 14847 / lmg 12228 / 1c / prs 101 / pao1) (緑膿菌)
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / gpJ / gp6 / ANTIMICROBIAL PROTEIN (抗微生物ペプチド) / bacteriocin (バクテリオシン) / pyocin / helix (螺旋) / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / UNKNOWN FUNCTION

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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