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タイトルStructural Insights into Electrophile Irritant Sensing by the Human TRPA1 Channel.
ジャーナル・号・ページNeuron, Vol. 105, Issue 5, Page 882-894.e5, Year 2020
掲載日2020年3月4日
著者Yang Suo / Zilong Wang / Lejla Zubcevic / Allen L Hsu / Qianru He / Mario J Borgnia / Ru-Rong Ji / Seok-Yong Lee /
PubMed 要旨Transient receptor potential channel subfamily A member 1 (TRPA1) is a Ca-permeable cation channel that serves as one of the primary sensors of environmental irritants and noxious substances. Many ...Transient receptor potential channel subfamily A member 1 (TRPA1) is a Ca-permeable cation channel that serves as one of the primary sensors of environmental irritants and noxious substances. Many TRPA1 agonists are electrophiles that are recognized by TRPA1 via covalent bond modifications of specific cysteine residues located in the cytoplasmic domains. However, a mechanistic understanding of electrophile sensing by TRPA1 has been limited due to a lack of high-resolution structural information. Here, we present the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of nanodisc-reconstituted ligand-free TRPA1 and TRPA1 in complex with the covalent agonists JT010 and BITC at 2.8, 2.9, and 3.1 Å, respectively. Our structural and functional studies provide the molecular basis for electrophile recognition by the extraordinarily reactive C621 in TRPA1 and mechanistic insights into electrophile-dependent conformational changes in TRPA1. This work also provides a platform for future drug development targeting TRPA1.
リンクNeuron / PubMed:31866091 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.81 - 3.06 Å
構造データ

20449

6pqo

EMDB-20449, PDB-6pqo:
Cryo-EM structure of the human TRPA1 ion channel in complex with the covalent agonist JT010
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.88 Å

20450

6pqp

EMDB-20450, PDB-6pqp:
Cryo-EM structure of the human TRPA1 ion channel in complex with the covalent agonist BITC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.06 Å

20451

6pqq

EMDB-20451, PDB-6pqq:
Cryo-EM structure of human TRPA1 C621S mutant in the apo state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.81 Å

化合物

ChemComp-JT0:
2-chloro-N-[4-(4-methoxyphenyl)-1,3-thiazol-2-yl]-N-(3-methoxypropyl)acetamide / JT-010 / agonist JT010*YM

ChemComp-LBN:
1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine / リン脂質*YM

ChemComp-6OU:
[(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate / POPE / リン脂質*YM

ChemComp-9BE:
N-benzylthioformamide / N-ベンジルチオホルムアミド

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Ion channel / TRP channel / TRPA channel / TRPA1 channel / irritant sensing / JT010 / membrane protein / BITC / apo state

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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