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Structure paper

タイトルStructural basis of bacterial σ -mediated transcription reveals roles of the RNA polymerase zinc-binding domain.
ジャーナル・号・ページEMBO J, Vol. 39, Issue 14, Page e104389, Year 2020
掲載日2020年7月15日
著者Wei Shi / Wei Zhou / Baoyue Zhang / Shaojia Huang / Yanan Jiang / Abigail Schammel / Yangbo Hu / Bin Liu /
PubMed 要旨In bacteria, σ is the flagella-specific sigma factor that targets RNA polymerase (RNAP) to control the expression of flagella-related genes involving bacterial motility and chemotaxis. However, the ...In bacteria, σ is the flagella-specific sigma factor that targets RNA polymerase (RNAP) to control the expression of flagella-related genes involving bacterial motility and chemotaxis. However, the structural mechanism of σ -dependent promoter recognition remains uncharacterized. Here, we report cryo-EM structures of E. coli σ -dependent transcribing complexes on a complete flagella-specific promoter. These structures reveal how σ -RNAP recognizes promoter DNA through strong interactions with the -10 element, but weak contacts with the -35 element, to initiate transcription. In addition, we observed a distinct architecture in which the β' zinc-binding domain (ZBD) of RNAP stretches out from its canonical position to interact with the upstream non-template strand. Further in vitro and in vivo assays demonstrate that this interaction has the overall effect of facilitating closed-to-open isomerization of the RNAP-promoter complex by compensating for the weak interaction between σ4 and -35 element. This suggests that ZBD relocation may be a general mechanism employed by σ family factors to enhance transcription from promoters with weak σ4/-35 element interactions.
リンクEMBO J / PubMed:32484956 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.86 - 3.91 Å
構造データ

20394

6pmi

EMDB-20394, PDB-6pmi:
Sigm28-transcription initiation complex with specific promoter at the state 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.86 Å

20395

6pmj

EMDB-20395, PDB-6pmj:
Sigm28-transcription initiation complex with specific promoter at the state 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.91 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • escherichia coli (大腸菌)
  • escherichia coli o157:h7 (大腸菌)
  • escherichia coli o45:k1 (strain s88 / expec) (大腸菌)
  • escherichia coli (strain k12) (大腸菌)
キーワードTRANSCRIPTION / sigma28 / transcription initiation complex / RpoF / ZNR domain

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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