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タイトルStructural characterization of the PCV2d virus-like particle at 3.3 Å resolution reveals differences to PCV2a and PCV2b capsids, a tetranucleotide, and an N-terminus near the icosahedral 3-fold axes.
ジャーナル・号・ページVirology, Vol. 537, Page 186-197, Year 2019
掲載日2019年9月3日
著者Reza Khayat / Ke Wen / Aleksandra Alimova / Boris Gavrilov / Al Katz / Jose M Galarza / Paul Gottlieb /
PubMed 要旨Porcine circovirus 2 (PCV2) has a major impact on the swine industry. Eight PCV2 genotypes (a-h) have been identified using capsid sequence analysis. PCV2d has been designated as the emerging ...Porcine circovirus 2 (PCV2) has a major impact on the swine industry. Eight PCV2 genotypes (a-h) have been identified using capsid sequence analysis. PCV2d has been designated as the emerging genotype. The cryo-electron microscopy molecular envelope of PCV2d virus-like particles identifies differences between PCV2a, b and d genotypes that accompany the emergence of PCV2b from PCV2a, and PCV2d from PCV2b. These differences indicate that sequence analysis of genotypes is insufficient, and that it is important to determine the PCV2 capsid structure as the virus evolves. Structure-based sequence comparison demonstrate that each genotype possesses a unique combination of amino acids located on the surface of the capsid that undergo substitution. We also demonstrate that the capsid N-terminus moves in response to increasing amount of nucleic acid packaged into the capsid. Furthermore, we model a tetranucleotide between the 5- and 2-fold axes of symmetry that appears to be responsible for capsid stability.
リンクVirology / PubMed:31505320 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.3 Å
構造データ

20113

6ola

EMDB-20113, PDB-6ola:
Structure of the PCV2d virus-like particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

由来
  • porcine circovirus 2 (ウイルス)
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / Circovirus / viral jelly roll

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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