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タイトルStructural Basis of Dot1L Stimulation by Histone H2B Lysine 120 Ubiquitination.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 74, Issue 5, Page 1010-11019.e6, Year 2019
掲載日2019年6月6日
著者Marco Igor Valencia-Sánchez / Pablo De Ioannes / Miao Wang / Nikita Vasilyev / Ruoyu Chen / Evgeny Nudler / Jean-Paul Armache / Karim-Jean Armache /
PubMed 要旨The essential histone H3 lysine 79 methyltransferase Dot1L regulates transcription and genomic stability and is deregulated in leukemia. The activity of Dot1L is stimulated by mono-ubiquitination of ...The essential histone H3 lysine 79 methyltransferase Dot1L regulates transcription and genomic stability and is deregulated in leukemia. The activity of Dot1L is stimulated by mono-ubiquitination of histone H2B on lysine 120 (H2BK120Ub); however, the detailed mechanism is not understood. We report cryo-EM structures of human Dot1L bound to (1) H2BK120Ub and (2) unmodified nucleosome substrates at 3.5 Å and 4.9 Å, respectively. Comparison of both structures, complemented with biochemical experiments, provides critical insights into the mechanism of Dot1L stimulation by H2BK120Ub. Both structures show Dot1L binding to the same extended surface of the histone octamer. In yeast, this surface is used by silencing proteins involved in heterochromatin formation, explaining the mechanism of their competition with Dot1. These results provide a strong foundation for understanding conserved crosstalk between histone modifications found at actively transcribed genes and offer a general model of how ubiquitin might regulate the activity of chromatin enzymes.
リンクMol Cell / PubMed:30981630 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.5 - 5.2 Å
構造データ

0652

6o96

EMDB-0652: Structural basis of Dot1L stimulation by histone H2B lysine 120 ubiquitination. 3.5A reconstruction of Dot1L on H2BK120Ub nucleosome
PDB-6o96: Dot1L bound to the H2BK120 Ubiquitinated nucleosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-0653:
Structural basis of Dot1L stimulation by histone H2B lysine 120 ubiquitination. 4.6A reconstruction of Dot1L on H2BK120Ub nucleosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.6 Å

EMDB-0654:
Structural basis of Dot1L stimulation by histone H2B lysine 120 ubiquitination. 5.2A reconstruction of Dot1L on H2BK120Ub nucleosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.2 Å

EMDB-0655:
Structural basis of Dot1L stimulation by histone H2B lysine 120 ubiquitination. 4.9A reconstruction of Dot1L on unmodified nucleosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.9 Å

化合物

ChemComp-SAH:
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • xenopus laevis (アフリカツメガエル)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードStructural Protein/DNA/Transferase / Complex / Chromatin Modifier / Structural Protein / TRANSFERASE / Structural Protein-DNA-Transferase complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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