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タイトルStructural basis of cooling agent and lipid sensing by the cold-activated TRPM8 channel.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 363, Issue 6430, Year 2019
掲載日2019年3月1日
著者Ying Yin / Son C Le / Allen L Hsu / Mario J Borgnia / Huanghe Yang / Seok-Yong Lee /
PubMed 要旨Transient receptor potential melastatin member 8 (TRPM8) is a calcium ion (Ca)-permeable cation channel that serves as the primary cold and menthol sensor in humans. Activation of TRPM8 by cooling ...Transient receptor potential melastatin member 8 (TRPM8) is a calcium ion (Ca)-permeable cation channel that serves as the primary cold and menthol sensor in humans. Activation of TRPM8 by cooling compounds relies on allosteric actions of agonist and membrane lipid phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate (PIP), but lack of structural information has thus far precluded a mechanistic understanding of ligand and lipid sensing by TRPM8. Using cryo-electron microscopy, we determined the structures of TRPM8 in complex with the synthetic cooling compound icilin, PIP, and Ca, as well as in complex with the menthol analog WS-12 and PIP Our structures reveal the binding sites for cooling agonists and PIP in TRPM8. Notably, PIP binds to TRPM8 in two different modes, which illustrate the mechanism of allosteric coupling between PIP and agonists. This study provides a platform for understanding the molecular mechanism of TRPM8 activation by cooling agents.
リンクScience / PubMed:30733385 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.4 - 4.3 Å
構造データ

0487

6nr2

EMDB-0487, PDB-6nr2:
Cryo-EM structure of the TRPM8 ion channel in complex with the menthol analog WS-12 and PI(4,5)P2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

0488

6nr3

EMDB-0488, PDB-6nr3:
Cryo-EM structure of the TRPM8 ion channel in complex with high occupancy icilin, PI(4,5)P2, and calcium
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

0489

6nr4

EMDB-0489, PDB-6nr4:
Cryo-EM structure of the TRPM8 ion channel with low occupancy icilin, PI(4,5)P2, and calcium
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

化合物

ChemComp-KXP:
(2S)-1-{[(R)-hydroxy{[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-trihydroxy-4,5-bis(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}-3-(octadecanoyloxy)propan-2-yl icosa-5,8,11,14-tetraenoate

ChemComp-KXS:
(1R,2S,5R)-N-(4-methoxyphenyl)-5-methyl-2-(propan-2-yl)cyclohexane-1-carboxamide / WS-12

ChemComp-KX7:
Icilin / アゴニスト*YM

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

由来
  • ficedula albicollis (シロエリヒタキ)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ion channel / TRP channel / TRPM channel / TRPM8 channel / cold sensing / lipid sensing / menthol / icilin / WS-12 / PI(4 / 5)P2 / cooling agent / MEMBRANE PROTEIN / calcium-permeable ion channel / calcium-permeable channel

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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