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Structure paper

タイトルTightly-orchestrated rearrangements govern catalytic center assembly of the ribosome.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 10, Issue 1, Page 958, Year 2019
掲載日2019年2月27日
著者Yi Zhou / Sharmishtha Musalgaonkar / Arlen W Johnson / David W Taylor /
PubMed 要旨The catalytic activity of the ribosome is mediated by RNA, yet proteins are essential for the function of the peptidyl transferase center (PTC). In eukaryotes, final assembly of the PTC occurs in the ...The catalytic activity of the ribosome is mediated by RNA, yet proteins are essential for the function of the peptidyl transferase center (PTC). In eukaryotes, final assembly of the PTC occurs in the cytoplasm by insertion of the ribosomal protein Rpl10 (uL16). We determine structures of six intermediates in late nuclear and cytoplasmic maturation of the large subunit that reveal a tightly-choreographed sequence of protein and RNA rearrangements controlling the insertion of Rpl10. We also determine the structure of the biogenesis factor Yvh1 and show how it promotes assembly of the P stalk, a critical element for recruitment of GTPases that drive translation. Together, our structures provide a blueprint for final assembly of a functional ribosome.
リンクNat Commun / PubMed:30814529 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.5 - 3.8 Å
構造データ

0369

6n8j

EMDB-0369, PDB-6n8j:
Cryo-EM structure of late nuclear (LN) pre-60S ribosomal subunit
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

0370

6n8k

EMDB-0370, PDB-6n8k:
Cryo-EM structure of early cytoplasmic-immediate (ECI) pre-60S ribosomal subunit
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

0371

6n8l

EMDB-0371, PDB-6n8l:
Cryo-EM structure of early cytoplasmic-late (ECL) pre-60S ribosomal subunit
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

0372

6n8m

EMDB-0372, PDB-6n8m:
Cryo-EM structure of pre-Lsg1 (PL) pre-60S ribosomal subunit
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

0373

6n8n

EMDB-0373, PDB-6n8n:
Cryo-EM structure of Lsg1-engaged (LE) pre-60S ribosomal subunit
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

0374

6n8o

EMDB-0374, PDB-6n8o:
Cryo-EM structure of Rpl10-inserted (RI) pre-60S ribosomal subunit
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

化合物

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • saccharomyces cerevisiae (strain atcc 204508 / s288c) (パン酵母)
  • Baker's yeast (パン酵母)
  • saccharomyces cerevisiae s288c (パン酵母)
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
キーワードRIBOSOME / ribosome biogenesis / Nmd3 / peptidyl transferase center

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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