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タイトルStructural analysis reveals TLR7 dynamics underlying antagonism.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 11, Issue 1, Page 5204, Year 2020
掲載日2020年10月15日
著者Shingo Tojo / Zhikuan Zhang / Hiroyuki Matsui / Masahiro Tahara / Mitsunori Ikeguchi / Mami Kochi / Mami Kamada / Hideki Shigematsu / Akihisa Tsutsumi / Naruhiko Adachi / Takuma Shibata / Masaki Yamamoto / Masahide Kikkawa / Toshiya Senda / Yoshiaki Isobe / Umeharu Ohto / Toshiyuki Shimizu /
PubMed 要旨Toll-like receptor 7 (TLR7) recognizes both microbial and endogenous RNAs and nucleosides. Aberrant activation of TLR7 has been implicated in several autoimmune diseases including systemic lupus ...Toll-like receptor 7 (TLR7) recognizes both microbial and endogenous RNAs and nucleosides. Aberrant activation of TLR7 has been implicated in several autoimmune diseases including systemic lupus erythematosus (SLE). Here, by modifying potent TLR7 agonists, we develop a series of TLR7-specific antagonists as promising therapeutic agents for SLE. These compounds protect mice against lethal autoimmunity. Combining crystallography and cryo-electron microscopy, we identify the open conformation of the receptor and reveal the structural equilibrium between open and closed conformations that underlies TLR7 antagonism, as well as the detailed mechanism by which TLR7-specific antagonists bind to their binding pocket in TLR7. Our work provides small-molecule TLR7-specific antagonists and suggests the TLR7-targeting strategy for treating autoimmune diseases.
リンクNat Commun / PubMed:33060576 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.6 - 4.4 Å
構造データ

EMDB-0999:
Cryo-EM reconstruction of TLR7/Cpd-3 (SM-394830) complex in closed form
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

EMDB-1000:
Cryo-EM reconstruction of TLR7/Cpd-6 (DSR-139293) complex in closed form
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

EMDB-30000:
Cryo-EM reconstruction of TLR7/Cpd-6 (DSR-139293) complex in open form
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

EMDB-30001:
Cryo-EM reconstruction of TLR7/Cpd-7 (DSR-139970) complex in open form
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

30002

6lw1

EMDB-30002, PDB-6lw1:
Cryo-EM structure of TLR7/Cpd-7 (DSR-139970) complex in open form
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

PDB-6lvx:
Crystal structure of TLR7/Cpd-1 (SM-374527) complex
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.77 Å

PDB-6lvy:
Crystal structure of TLR7/Cpd-2 (SM-360320) complex
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.6 Å

PDB-6lvz:
Crystal structure of TLR7/Cpd-3 (SM-394830) complex
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.83 Å

PDB-6lw0:
Crystal structure of TLR7/Cpd-6 (DSR-139293) complex
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.6 Å

化合物

ChemComp-EWL:
6-azanyl-2-butoxy-9-(phenylmethyl)-7H-purin-8-one / 2-ブトキシ-6-アミノ-9-ベンジル-9H-プリン-8-オ-ル

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-EWU:
6-azanyl-2-(2-methoxyethoxy)-9-(phenylmethyl)-7H-purin-8-one / SM-360320

ChemComp-EWX:
6-azanyl-2-(2-methoxyethoxy)-9-(pyridin-3-ylmethyl)-7H-purin-8-one

ChemComp-EX0:
2-ethoxy-8-(5-fluoranylpyridin-3-yl)-9-[[4-[[(1S,4S)-5-methyl-2,5-diazabicyclo[2.2.1]heptan-2-yl]methyl]phenyl]methyl]purin-6-amine

ChemComp-EX3:
2-ethoxy-8-(5-fluoranylpyridin-3-yl)-6-methyl-9-[[4-[[(1S,4S)-5-methyl-2,5-diazabicyclo[2.2.1]heptan-2-yl]methyl]phenyl]methyl]purine

由来
  • macaca mulatta (アカゲザル)
キーワードIMMUNE SYSTEM / TLR7 / agonist / antagonist

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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