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タイトルIdentification of Antibodies with Non-overlapping Neutralization Sites that Target Coxsackievirus A16.
ジャーナル・号・ページCell Host Microbe, Vol. 27, Issue 2, Page 249-261.e5, Year 2020
掲載日2020年2月12日
著者Maozhou He / Longfa Xu / Qingbing Zheng / Rui Zhu / Zhichao Yin / Zhenghui Zha / Yu Lin / Lisheng Yang / Yang Huang / Xiangzhong Ye / Shuxuan Li / Wangheng Hou / Yangtao Wu / Jinle Han / Dongxiao Liu / Zekai Li / Zhenqin Chen / Hai Yu / Yuqiong Que / Yingbin Wang / Xiaodong Yan / Jun Zhang / Ying Gu / Z Hong Zhou / Tong Cheng / Shaowei Li / Ningshao Xia /
PubMed 要旨Hand, foot, and mouth disease is a common childhood illness primarily caused by coxsackievirus A16 (CVA16), for which there are no current vaccines or treatments. We identify three CVA16-specific ...Hand, foot, and mouth disease is a common childhood illness primarily caused by coxsackievirus A16 (CVA16), for which there are no current vaccines or treatments. We identify three CVA16-specific neutralizing monoclonal antibodies (nAbs) with therapeutic potential: 18A7, 14B10, and NA9D7. We present atomic structures of these nAbs bound to all three viral particle forms-the mature virion, A-particle, and empty particle-and show that each Fab can simultaneously occupy the mature virion. Additionally, 14B10 or NA9D7 provide 100% protection against lethal CVA16 infection in a neonatal mouse model. 18A7 binds to a non-conserved epitope present in all three particles, whereas 14B10 and NA9D7 recognize broad protective epitopes but only bind the mature virion. NA9D7 targets an immunodominant site, which may overlap the receptor-binding site. These findings indicate that CVA16 vaccines should be based on mature virions and that these antibodies could be used to discriminate optimal virion-based immunogens.
リンクCell Host Microbe / PubMed:32027857 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.65 - 3.78 Å
構造データ

EMDB-0887, PDB-6lha:
The cryo-EM structure of coxsackievirus A16 mature virion
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.56 Å

EMDB-0888, PDB-6lhb:
The cryo-EM structure of coxsackievirus A16 A-particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.33 Å

EMDB-0889, PDB-6lhc:
The cryo-EM structure of coxsackievirus A16 empty particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.43 Å

EMDB-0890, PDB-6lhk:
The cryo-EM structure of coxsackievirus A16 mature virion in complex with Fab 18A7
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.65 Å

EMDB-0891, PDB-6lhl:
The cryo-EM structure of coxsackievirus A16 A-particle in complex with Fab 18A7
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.07 Å

EMDB-0892, PDB-6lho:
The cryo-EM structure of coxsackievirus A16 empty particle in complex with Fab 18A7
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.13 Å

EMDB-0894, PDB-6lhp:
The cryo-EM structure of coxsackievirus A16 mature virion in complex with Fab 14B10
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-0895, PDB-6lhq:
The cryo-EM structure of coxsackievirus A16 mature virion in complex with Fab NA9D7
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.06 Å

EMDB-0897, PDB-6lht:
Localized reconstruction of coxsackievirus A16 mature virion in complex with Fab 18A7
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.67 Å

EMDB-0898:
The cryo-EM structure of coxsackievirus A16 mature virion in complex with Fabs 18A7, 14B10 and NA9D7
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.78 Å

化合物

ChemComp-SPH:
SPHINGOSINE / スフィンゴシン

由来
  • coxsackievirus a16 (コクサッキーウイルス)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードVIRUS (ウイルス) / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / localized reconstruction

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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