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タイトルStructure of the mitochondrial import gate reveals distinct preprotein paths.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 575, Issue 7782, Page 395-401, Year 2019
掲載日2019年10月10日
著者Yuhei Araiso / Akihisa Tsutsumi / Jian Qiu / Kenichiro Imai / Takuya Shiota / Jiyao Song / Caroline Lindau / Lena-Sophie Wenz / Haruka Sakaue / Kaori Yunoki / Shin Kawano / Junko Suzuki / Marilena Wischnewski / Conny Schütze / Hirotaka Ariyama / Toshio Ando / Thomas Becker / Trevor Lithgow / Nils Wiedemann / Nikolaus Pfanner / Masahide Kikkawa / Toshiya Endo /
PubMed 要旨The translocase of the outer mitochondrial membrane (TOM) is the main entry gate for proteins. Here we use cryo-electron microscopy to report the structure of the yeast TOM core complex at 3.8-Å ...The translocase of the outer mitochondrial membrane (TOM) is the main entry gate for proteins. Here we use cryo-electron microscopy to report the structure of the yeast TOM core complex at 3.8-Å resolution. The structure reveals the high-resolution architecture of the translocator consisting of two Tom40 β-barrel channels and α-helical transmembrane subunits, providing insight into critical features that are conserved in all eukaryotes. Each Tom40 β-barrel is surrounded by small TOM subunits, and tethered by two Tom22 subunits and one phospholipid. The N-terminal extension of Tom40 forms a helix inside the channel; mutational analysis reveals its dual role in early and late steps in the biogenesis of intermembrane-space proteins in cooperation with Tom5. Each Tom40 channel possesses two precursor exit sites. Tom22, Tom40 and Tom7 guide presequence-containing preproteins to the exit in the middle of the dimer, whereas Tom5 and the Tom40 N extension guide preproteins lacking a presequence to the exit at the periphery of the dimer.
リンクNature / PubMed:31600774
手法EM (単粒子)
解像度3.81 Å
構造データ

9851

6jnf

EMDB-9851: membrane structure
PDB-6jnf: Cryo-EM structure of the translocator of the outer mitochondrial membrane
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.81 Å

化合物

ChemComp-46E:
(2R)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(tetradecanoyloxy)propyl tetradecanoate / DMPE

由来
  • saccharomyces cerevisiae s288c (パン酵母)
キーワードTRANSLOCASE / alpha/beta translocator / membrane protein complex / Protein import / mitochondria

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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