[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルInfluenza hemagglutinin membrane anchor.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 115, Issue 40, Page 10112-10117, Year 2018
掲載日2018年10月2日
著者Donald J Benton / Andrea Nans / Lesley J Calder / Jack Turner / Ursula Neu / Yi Pu Lin / Esther Ketelaars / Nicole L Kallewaard / Davide Corti / Antonio Lanzavecchia / Steven J Gamblin / Peter B Rosenthal / John J Skehel /
PubMed 要旨Viruses with membranes fuse them with cellular membranes, to transfer their genomes into cells at the beginning of infection. For Influenza virus, the membrane glycoprotein involved in fusion is the ...Viruses with membranes fuse them with cellular membranes, to transfer their genomes into cells at the beginning of infection. For Influenza virus, the membrane glycoprotein involved in fusion is the hemagglutinin (HA), the 3D structure of which is known from X-ray crystallographic studies. The soluble ectodomain fragments used in these studies lacked the "membrane anchor" portion of the molecule. Since this region has a role in membrane fusion, we have determined its structure by analyzing the intact, full-length molecule in a detergent micelle, using cryo-EM. We have also compared the structures of full-length HA-detergent micelles with full-length HA-Fab complex detergent micelles, to describe an infectivity-neutralizing monoclonal Fab that binds near the ectodomain membrane anchor junction. We determine a high-resolution HA structure which compares favorably in detail with the structure of the ectodomain seen by X-ray crystallography; we detect, clearly, all five carbohydrate side chains of HA; and we find that the ectodomain is joined to the membrane anchor by flexible, eight-residue-long, linkers. The linkers extend into the detergent micelle to join a central triple-helical structure that is a major component of the membrane anchor.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:30224494 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.87 - 4.2 Å
構造データ

0234

6hjn

EMDB-0234, PDB-6hjn:
Structure of Influenza Hemagglutinin ectodomain (A/duck/Alberta/35/76)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

0235

6hjp

EMDB-0235, PDB-6hjp:
Structure of Influenza Hemagglutinin ectodomain (A/duck/Alberta/35/76) in complex with FISW84 Fab Fragment
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

0236

6hjq

EMDB-0236, PDB-6hjq:
Structure of Full-length Influenza Hemagglutinin (A/duck/Alberta/35/76) in complex with FISW84 Fab Fragment
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

0237

6hjr

EMDB-0237, PDB-6hjr:
Structure of full-length Influenza Hemagglutinin with tilted transmembrane (A/duck/Alberta/35/76[H1N1])
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

PDB-6hkg:
Structure of FISW84 Fab Fragment
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.87 Å

化合物

ChemComp-UPL:
UNKNOWN BRANCHED FRAGMENT OF PHOSPHOLIPID

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • influenza a virus (strain a/duck/alberta/35/1976 h1n1) (A型インフルエンザウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードVIRAL PROTEIN / Influenza virus / Hemagglutinin / Membrane protein / Membrane fusion / IMMUNE SYSTEM

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る