[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルqFit-ligand Reveals Widespread Conformational Heterogeneity of Drug-Like Molecules in X-Ray Electron Density Maps.
ジャーナル・号・ページJ. Med. Chem., Vol. 61, Page 11183-11198, Year 2018
掲載日2018年6月5日 (構造データの登録日)
著者van Zundert, G.C.P. / Hudson, B.M. / de Oliveira, S.H.P. / Keedy, D.A. / Fonseca, R. / Heliou, A. / Suresh, P. / Borrelli, K. / Day, T. / Fraser, J.S. / van den Bedem, H.
リンクJ. Med. Chem. / PubMed:30457858
手法X線回折
解像度1.15 - 2.2 Å
構造データ

PDB-6dmg:
A multiconformer ligand model of EK6 bound to ERK2
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.2 Å

PDB-6dmh:
A multiconformer ligand model of acylenzyme intermediate of meropenem bound to an SFC-1 E166A mutant
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.3 Å

PDB-6dmi:
A multiconformer ligand model of 5T5 bound to BACE-1
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-6dmj:
A multiconformer ligand model of inhibitor 53W bound to CREB binding protein bromodomain
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.15 Å

PDB-6dmk:
A multiconformer ligand model of an isoxazolyl-benzimidazole ligand bound to the bromodomain of human CREBBP
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.66 Å

PDB-6dml:
A multiconformer ligand model of 3,5 dimethylisoxaxole bound to the bromodomain of human BRD4
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å

化合物

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

ChemComp-EDO:
1,2-ETHANEDIOL / エチレングリコ-ル

ChemComp-EK6:
ethyl N-{2-chloro-4-[5-(5-{[(1S)-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-2-hydroxyethyl]carbamoyl}-1H-pyrrol-3-yl)-1H-pyrazol-4-yl]benzyl}glycinate

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-MER:
(4R,5S)-3-{[(3S,5S)-5-(dimethylcarbamoyl)pyrrolidin-3-yl]sulfanyl}-5-[(2S,3R)-3-hydroxy-1-oxobutan-2-yl]-4-methyl-4,5-d / 抗生剤*YM

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

ChemComp-DMS:
DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / DMSO, 沈殿剤*YM

ChemComp-5T5:
[(1~{R},2~{R})-2-[(4~{S})-2-azanyl-4-[4-[bis(fluoranyl)methoxy]phenyl]-5~{H}-1,3-oxazol-4-yl]cyclopropyl]-(5-chloranylpyridin-3-yl)methanone

ChemComp-53W:
5-(3,5-dimethyl-1,2-oxazol-4-yl)-2-[2-(4-methoxyphenyl)ethyl]-1-[2-(morpholin-4-yl)ethyl]-1H-benzimidazole

ChemComp-NO3:
NITRATE ION

ChemComp-2LL:
5-(3,5-dimethyl-1,2-oxazol-4-yl)-1-[2-(morpholin-4-yl)ethyl]-2-(2-phenylethyl)-1H-benzimidazole / 1-(2-(4-モルホリニル)エチル)-2-(2-フェニルエチル)-5-(3,5-ジメチルイソオキサゾ-ル-4-イル)(以下略)

ChemComp-9BM:
4-((2-(tert-butyl)phenyl)amino)-7-(3,5-dimethylisoxazol-4-yl)-6-methoxy-1,5-naphthyridine-3-carboxylic acid

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • serratia fonticola (バクテリア)
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Complex / multiconformer model / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex / HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / multi conformer model / antibiotic / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex / Inhibitor / transcription/transcription inhibitor / TRANSCRIPTION / transcription-transcription inhibitor complex

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る