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タイトルStructure of the alternative complex III in a supercomplex with cytochrome oxidase.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 557, Issue 7703, Page 123-126, Year 2018
掲載日2018年4月25日
著者Chang Sun / Samir Benlekbir / Padmaja Venkatakrishnan / Yuhang Wang / Sangjin Hong / Jonathan Hosler / Emad Tajkhorshid / John L Rubinstein / Robert B Gennis /
PubMed 要旨Alternative complex III (ACIII) is a key component of the respiratory and/or photosynthetic electron transport chains of many bacteria. Like complex III (also known as the bc complex), ACIII ...Alternative complex III (ACIII) is a key component of the respiratory and/or photosynthetic electron transport chains of many bacteria. Like complex III (also known as the bc complex), ACIII catalyses the oxidation of membrane-bound quinol and the reduction of cytochrome c or an equivalent electron carrier. However, the two complexes have no structural similarity. Although ACIII has eluded structural characterization, several of its subunits are known to be homologous to members of the complex iron-sulfur molybdoenzyme (CISM) superfamily , including the proton pump polysulfide reductase. We isolated the ACIII from Flavobacterium johnsoniae with native lipids using styrene maleic acid copolymer, both as an independent enzyme and as a functional 1:1 supercomplex with an aa-type cytochrome c oxidase (cyt aa). We determined the structure of ACIII to 3.4 Å resolution by cryo-electron microscopy and constructed an atomic model for its six subunits. The structure, which contains a [3Fe-4S] cluster, a [4Fe-4S] cluster and six haem c units, shows that ACIII uses known elements from other electron transport complexes arranged in a previously unknown manner. Modelling of the cyt aa component of the supercomplex revealed that it is structurally modified to facilitate association with ACIII, illustrating the importance of the supercomplex in this electron transport chain. The structure also resolves two of the subunits of ACIII that are anchored to the lipid bilayer with N-terminal triacylated cysteine residues, an important post-translational modification found in numerous prokaryotic membrane proteins that has not previously been observed structurally in a lipid bilayer.
リンクNature / PubMed:29695868 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.4 - 3.6 Å
構造データ

7286

6btm

EMDB-7286: Cryo-EM density map of Alternative Complex III from Flavobacterium johnsoniae (Wild Type)
PDB-6btm: Structure of Alternative Complex III from Flavobacterium johnsoniae (Wild Type)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-7447:
3.6-angstrom resolution cryo-EM density map of the Alternative Complex III/ cyt c oxidase supercomplex from Flavobacterium johnsoniae (Wild Type)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-7448:
3.6-angstrom resolution cryo-EM density map of the Alternative Complex III from Flavobacterium johnsoniae (Wild Type)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

化合物

ChemComp-HEC:
HEME C

ChemComp-F3S:
FE3-S4 CLUSTER

ChemComp-SF4:
IRON/SULFUR CLUSTER

ChemComp-DKA:
DECANOIC ACID / デカン酸

ChemComp-FAW:
(2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl ditetradecanoate / 1-O,2-O-ジミリストイル-L-グリセロ-ル

由来
  • flavobacterium johnsoniae uw101 (バクテリア)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Electron transport chain / triacylated cysteine / heme c domain / iron-sulfur cluster

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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