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Structure paper

タイトルCryo-EM structures reveal specialization at the myosin VI-actin interface and a mechanism of force sensitivity.
ジャーナル・号・ページElife, Vol. 6, Year 2017
掲載日2017年12月4日
著者Pinar S Gurel / Laura Y Kim / Paul V Ruijgrok / Tosan Omabegho / Zev Bryant / Gregory M Alushin /
PubMed 要旨Despite extensive scrutiny of the myosin superfamily, the lack of high-resolution structures of actin-bound states has prevented a complete description of its mechanochemical cycle and limited ...Despite extensive scrutiny of the myosin superfamily, the lack of high-resolution structures of actin-bound states has prevented a complete description of its mechanochemical cycle and limited insight into how sequence and structural diversification of the motor domain gives rise to specialized functional properties. Here we present cryo-EM structures of the unique minus-end directed myosin VI motor domain in rigor (4.6 Å) and Mg-ADP (5.5 Å) states bound to F-actin. Comparison to the myosin IIC-F-actin rigor complex reveals an almost complete lack of conservation of residues at the actin-myosin interface despite preservation of the primary sequence regions composing it, suggesting an evolutionary path for motor specialization. Additionally, analysis of the transition from ADP to rigor provides a structural rationale for force sensitivity in this step of the mechanochemical cycle. Finally, we observe reciprocal rearrangements in actin and myosin accompanying the transition between these states, supporting a role for actin structural plasticity during force generation by myosin VI.
リンクElife / PubMed:29199952 / PubMed Central
手法EM (らせん対称)
解像度4.6 - 7.5 Å
構造データ

7115

6bno

6bnu

EMDB-7115, PDB-6bno:
Structure of bare actin filament
PDB-6bnu: Structure of bare actin filament, backbone-averaged with sidechains truncated to alanine
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 5.5 Å

7116

6bnp

6bnv

EMDB-7116, PDB-6bnp:
CryoEM structure of MyosinVI-actin complex in the rigor (nucleotide-free) state
PDB-6bnv: CryoEM structure of MyosinVI-actin complex in the rigor (nucleotide-free) state, backbone-averaged with side chains truncated to alanine
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 4.6 Å

7117

6bnq

6bnw

EMDB-7117, PDB-6bnq:
CryoEM structure of Myosin VI-Actin complex in the ADP state
PDB-6bnw: CryoEM structure of Myosin VI-Actin complex in the ADP state, backbone-averaged with side chains truncated to alanine
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 5.5 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

由来
  • oryctolagus cuniculus (ウサギ)
  • sus scrofa (ブタ)
  • gallus gallus (ニワトリ)
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / Cytoskeleton / Filament / complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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