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Structure paper

タイトルCryo-EM structure of 5-HT receptor in its resting conformation.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 9, Issue 1, Page 514, Year 2018
掲載日2018年2月6日
著者Sandip Basak / Yvonne Gicheru / Amrita Samanta / Sudheer Kumar Molugu / Wei Huang / Maria la de Fuente / Taylor Hughes / Derek J Taylor / Marvin T Nieman / Vera Moiseenkova-Bell / Sudha Chakrapani /
PubMed 要旨Serotonin receptors (5-HTR) directly regulate gut movement, and drugs that inhibit 5-HTR function are used to control emetic reflexes associated with gastrointestinal pathologies and cancer therapies. ...Serotonin receptors (5-HTR) directly regulate gut movement, and drugs that inhibit 5-HTR function are used to control emetic reflexes associated with gastrointestinal pathologies and cancer therapies. The 5-HTR function involves a finely tuned orchestration of three domain movements that include the ligand-binding domain, the pore domain, and the intracellular domain. Here, we present the structure from the full-length 5-HTR channel in the apo-state determined by single-particle cryo-electron microscopy at a nominal resolution of 4.3 Å. In this conformation, the ligand-binding domain adopts a conformation reminiscent of the unliganded state with the pore domain captured in a closed conformation. In comparison to the 5-HTR crystal structure, the full-length channel in the apo-conformation adopts a more expanded conformation of all the three domains with a characteristic twist that is implicated in gating.
リンクNat Commun / PubMed:29410406 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度4.31 Å
構造データ

7088

6be1

EMDB-7088, PDB-6be1:
Cryo-EM structure of serotonin receptor
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.31 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

ChemComp-PX4:
1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / ジミリストイルホスファチジルコリン / DMPC, リン脂質*YM

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド

ChemComp-BMA:
beta-D-mannopyranose / β-D-マンノピラノ-ス

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Ion Channel

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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