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Structure paper

タイトルStructural basis of bacterial transcription activation.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 358, Issue 6365, Page 947-951, Year 2017
掲載日2017年11月17日
著者Bin Liu / Chuan Hong / Rick K Huang / Zhiheng Yu / Thomas A Steitz /
PubMed 要旨In bacteria, the activation of gene transcription at many promoters is simple and only involves a single activator. The cyclic adenosine 3',5'-monophosphate receptor protein (CAP), a classic ...In bacteria, the activation of gene transcription at many promoters is simple and only involves a single activator. The cyclic adenosine 3',5'-monophosphate receptor protein (CAP), a classic activator, is able to activate transcription independently through two different mechanisms. Understanding the class I mechanism requires an intact transcription activation complex (TAC) structure at a high resolution. Here we report a high-resolution cryo-electron microscopy structure of an intact class I TAC containing a CAP dimer, a σ-RNA polymerase (RNAP) holoenzyme, a complete class I CAP-dependent promoter DNA, and a de novo synthesized RNA oligonucleotide. The structure shows how CAP wraps the upstream DNA and how the interactions recruit RNAP. Our study provides a structural basis for understanding how activators activate transcription through the class I recruitment mechanism.
リンクScience / PubMed:29146813
手法EM (単粒子)
解像度3.9 - 10.0 Å
構造データ

7059

6b6h

EMDB-7059, PDB-6b6h:
The cryo-EM structure of a bacterial class I transcription activation complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-7060:
Focused map on the aCTD-CAP region of the class-I bacterial transcription activation complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.0 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-CMP:
ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / cAMP

由来
  • escherichia coli (大腸菌)
  • escherichia coli o157:h7 (大腸菌)
  • escherichia coli o45:k1 (strain s88 / expec) (大腸菌)
  • escherichia coli o45:k1 (大腸菌)
  • escherichia coli (strain k12) (大腸菌)
キーワードTRANSCRIPTION/TRANSFERASE/DNA/RNA / transcription / RNA polymerase / catabolite activator protein / cAMP / TRANSCRIPTION-TRANSFERASE-DNA-RNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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