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タイトルStructure of human immunoproteasome with a reversible and noncompetitive inhibitor that selectively inhibits activated lymphocytes.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 8, Issue 1, Page 1692, Year 2017
掲載日2017年11月22日
著者Ruda de Luna Almeida Santos / Lin Bai / Pradeep K Singh / Naoka Murakami / Hao Fan / Wenhu Zhan / Yingrong Zhu / Xiuju Jiang / Kaiming Zhang / Jean Pierre Assker / Carl F Nathan / Huilin Li / Jamil Azzi / Gang Lin /
PubMed 要旨Proteasome inhibitors benefit patients with multiple myeloma and B cell-dependent autoimmune disorders but exert toxicity from inhibition of proteasomes in other cells. Toxicity should be minimized ...Proteasome inhibitors benefit patients with multiple myeloma and B cell-dependent autoimmune disorders but exert toxicity from inhibition of proteasomes in other cells. Toxicity should be minimized by reversible inhibition of the immunoproteasome β5i subunit while sparing the constitutive β5c subunit. Here we report β5i-selective inhibition by asparagine-ethylenediamine (AsnEDA)-based compounds and present the high-resolution cryo-EM structural analysis of the human immunoproteasome. Despite inhibiting noncompetitively, an AsnEDA inhibitor binds the active site. Hydrophobic interactions are accompanied by hydrogen bonding with β5i and β6 subunits. The inhibitors are far more cytotoxic for myeloma and lymphoma cell lines than for hepatocarcinoma or non-activated lymphocytes. They block human B-cell proliferation and promote apoptotic cell death selectively in antibody-secreting B cells, and to a lesser extent in activated human T cells. Reversible, β5i-selective inhibitors may be useful for treatment of diseases involving activated or neoplastic B cells or activated T cells.
リンクNat Commun / PubMed:29167449 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.8 Å
構造データ

7010

6avo

EMDB-7010, PDB-6avo:
Cryo-EM structure of human immunoproteasome with a novel noncompetitive inhibitor that selectively inhibits activated lymphocytes
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

化合物

ChemComp-BZ7:
N~1~-{2-[([1,1'-biphenyl]-3-carbonyl)amino]ethyl}-N~4~-tert-butyl-N~2~-(3-phenylpropanoyl)-L-aspartamide

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / inhibitor / complex / immunoproteasome / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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