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タイトルStructures of Mycobacterium smegmatis 70S ribosomes in complex with HPF, tmRNA, and P-tRNA.
ジャーナル・号・ページSci Rep, Vol. 8, Issue 1, Page 13587, Year 2018
掲載日2018年9月11日
著者Satabdi Mishra / Tofayel Ahmed / Anu Tyagi / Jian Shi / Shashi Bhushan /
PubMed 要旨Ribosomes are the dynamic protein synthesis machineries of the cell. They may exist in different functional states in the cell. Therefore, it is essential to have structural information on these ...Ribosomes are the dynamic protein synthesis machineries of the cell. They may exist in different functional states in the cell. Therefore, it is essential to have structural information on these different functional states of ribosomes to understand their mechanism of action. Here, we present single particle cryo-EM reconstructions of the Mycobacterium smegmatis 70S ribosomes in the hibernating state (with HPF), trans-translating state (with tmRNA), and the P/P state (with P-tRNA) resolved to 4.1, 12.5, and 3.4 Å, respectively. A comparison of the P/P state with the hibernating state provides possible functional insights about the Mycobacteria-specific helix H54a rRNA segment. Interestingly, densities for all the four OB domains of bS1 protein is visible in the hibernating 70S ribosome displaying the molecular details of bS1-70S interactions. Our structural data shows a Mycobacteria-specific H54a-bS1 interaction which seems to prevent subunit dissociation and degradation during hibernation without the formation of 100S dimer. This indicates a new role of bS1 protein in 70S protection during hibernation in Mycobacteria in addition to its conserved function during translation initiation.
リンクSci Rep / PubMed:30206241 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.2 - 12.5 Å
構造データ

6920

5zeb

EMDB-6920, PDB-5zeb:
M. Smegmatis P/P state 70S ribosome structure
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

6921

5zep

EMDB-6921, PDB-5zep:
M. smegmatis hibernating state 70S ribosome structure
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

6922

5zet

EMDB-6922, PDB-5zet:
M. smegmatis P/P state 50S ribosomal subunit
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

6923

5zeu

EMDB-6923, PDB-5zeu:
M. smegmatis P/P state 30S ribosomal subunit
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

6925

5zey

EMDB-6925, PDB-5zey:
M. smegmatis Trans-translation state 70S ribosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 12.5 Å

由来
  • mycobacterium smegmatis str. mc2 155 (バクテリア)
  • escherichia coli (大腸菌)
  • mycobacterium smegmatis (strain atcc 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
キーワードRIBOSOME / translating-state / complex / hibernating-state / RNA BINDING PROTEIN/RNA / trans-translating state / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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