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タイトルAlternate binding modes of anti-CRISPR viral suppressors AcrF1/2 to Csy surveillance complex revealed by cryo-EM structures.
ジャーナル・号・ページCell Res, Vol. 27, Issue 7, Page 853-864, Year 2017
掲載日2017年6月2日
著者Ruchao Peng / Ying Xu / Tengfei Zhu / Ningning Li / Jianxun Qi / Yan Chai / Min Wu / Xinzheng Zhang / Yi Shi / Peiyi Wang / Jiawei Wang / Ning Gao / George Fu Gao /
PubMed 要旨Bacteriophages encode anti-CRISPR suppressors to counteract the CRISPR/Cas immunity of their bacterial hosts, thus facilitating their survival and replication. Previous studies have shown that two ...Bacteriophages encode anti-CRISPR suppressors to counteract the CRISPR/Cas immunity of their bacterial hosts, thus facilitating their survival and replication. Previous studies have shown that two phage-encoded anti-CRISPR proteins, AcrF1 and AcrF2, suppress the type I-F CRISPR/Cas system of Pseudomonas aeruginosa by preventing target DNA recognition by the Csy surveillance complex, but the precise underlying mechanism was unknown. Here we present the structure of AcrF1/2 bound to the Csy complex determined by cryo-EM single-particle reconstruction. By structural analysis, we found that AcrF1 inhibits target DNA recognition of the Csy complex by interfering with base pairing between the DNA target strand and crRNA spacer. In addition, multiple copies of AcrF1 bind to the Csy complex with different modes when working individually or cooperating with AcrF2, which might exclude target DNA binding through different mechanisms. Together with previous reports, we provide a comprehensive working scenario for the two anti-CRISPR suppressors, AcrF1 and AcrF2, which silence CRISPR/Cas immunity by targeting the Csy surveillance complex.
リンクCell Res / PubMed:28574055 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.8 - 5.3 Å
構造データ

EMDB-6728:
Anti-CRISPR protein AcrF1/2 bound to Csy surveillance complex with a 20nt spacer crRNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.3 Å

6729

5xlo

EMDB-6729, PDB-5xlo:
Anti-CRISPR proteins AcrF1/2 bound to Csy surveillance complex with a 32nt spacer crRNA backbone region
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-6730:
Anti-CRISPR protein AcrF1 bound to Csy surveillance complex with 32nt spacer crRNA in binding mode B
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.7 Å

6731

5xlp

EMDB-6731, PDB-5xlp:
Anti-CRISPR proteins AcrF1/2 bound to Csy surveillance complex with a 20nt spacer crRNA backbone region
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

由来
  • pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
  • Pseudomonas phage D3 (ファージ)
  • Pseudomonas phage 73 (ファージ)
  • pseudomonas aeruginosa (strain ucbpp-pa14) (緑膿菌)
  • pseudomonas phage jbd30 (ファージ)
キーワードIMMUNE SYSTEM/RNA (免疫系) / anti-CRISPR protein / Csy complex / Type I-F CRISPR/Cas system / IMMUNE SYSTEM-RNA complex (免疫系) / anti-CRISPR proteins

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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