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タイトルAntibody-induced uncoating of human rhinovirus B14.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 114, Issue 30, Page 8017-8022, Year 2017
掲載日2017年7月25日
著者Yangchao Dong / Yue Liu / Wen Jiang / Thomas J Smith / Zhikai Xu / Michael G Rossmann /
PubMed 要旨Rhinoviruses (RVs) are the major causes of common colds in humans. They have a nonenveloped, icosahedral capsid surrounding a positive-strand RNA genome. Here we report that the antigen-binding (Fab) ...Rhinoviruses (RVs) are the major causes of common colds in humans. They have a nonenveloped, icosahedral capsid surrounding a positive-strand RNA genome. Here we report that the antigen-binding (Fab) fragment of a neutralizing antibody (C5) can trigger genome release from RV-B14 to form emptied particles and neutralize virus infection. Using cryo-electron microscopy, structures of the C5 Fab in complex with the full and emptied particles have been determined at 2.3 Å and 3.0 Å resolution, respectively. Each of the 60 Fab molecules binds primarily to a region on viral protein 3 (VP3). Binding of the C5 Fabs to RV-B14 results in significant conformational changes around holes in the capsid through which the viral RNA might exit. These results are so far the highest resolution view of an antibody-virus complex and elucidate a mechanism whereby antibodies neutralize RVs and related viruses by inducing virus uncoating.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:28696310 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.26 - 3.01 Å
構造データ

8754

5w3e

EMDB-8754, PDB-5w3e:
CryoEM structure of rhinovirus B14 in complex with C5 Fab (33 degrees Celsius, molar ratio 1:3, full particle)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.53 Å

8761

5w3l

EMDB-8761, PDB-5w3l:
CryoEM structure of rhinovirus B14 in complex with C5 Fab (4 degrees Celsius, molar ratio 1:3, full particle)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.71 Å

8762

5w3m

EMDB-8762, PDB-5w3m:
CryoEM structure of rhinovirus B14 in complex with C5 Fab (33 degrees Celsius, molar ratio 1:1, full particle)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.26 Å

8763

5w3o

EMDB-8763, PDB-5w3o:
CryoEM structure of rhinovirus B14 in complex with C5 Fab (33 degrees Celsius, molar ratio 1:3, empty particle)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.01 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER / 水

由来
  • Mouse (ネズミ)
  • HRV-14, Human rhinovirus B14
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • human rhinovirus 14 (ライノウイルス)
キーワードVIRUS/IMMUNE SYSTEM / virus (ウイルス) / antibody (抗体) / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex / VIRUS LIKE PARTICLE/IMMUNE SYSTEM / VIRUS LIKE PARTICLE-IMMUNE SYSTEM complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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