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Structure paper

タイトルStructure, mechanism and crystallographic fragment screening of the SARS-CoV-2 NSP13 helicase.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 12, Page 4848-4848, Year 2021
掲載日2020年9月16日 (構造データの登録日)
著者Newman, J.A. / Douangamath, A. / Yadzani, S. / Yosaatmadja, Y. / Aimon, A. / Brandao-Neto, J. / Dunnett, L. / Gorrie-Stone, T. / Skyner, R. / Fearon, D. ...Newman, J.A. / Douangamath, A. / Yadzani, S. / Yosaatmadja, Y. / Aimon, A. / Brandao-Neto, J. / Dunnett, L. / Gorrie-Stone, T. / Skyner, R. / Fearon, D. / Schapira, M. / von Delft, F. / Gileadi, O.
リンクNat Commun / PubMed:34381037
手法X線回折
解像度1.788 - 3.04 Å
構造データ

PDB-5rl6:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 helicase in complex with Z198195770
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.921 Å

PDB-5rl7:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 helicase in complex with Z364321922
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.89 Å

PDB-5rl8:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 helicase in complex with Z53825177
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.21 Å

PDB-5rl9:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 helicase in complex with Z1703168683
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.788 Å

PDB-5rlb:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 helicase in complex with Z216450634
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.98 Å

PDB-5rlc:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 helicase in complex with Z56923284
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.92 Å

PDB-5rld:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 helicase in complex with Z19735981
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.233 Å

PDB-5rle:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 helicase in complex with Z1429867185
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.268 Å

PDB-5rlf:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 helicase in complex with Z235341991
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.235 Å

PDB-5rlg:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 helicase in complex with Z19739650
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.96 Å

PDB-5rlh:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 helicase in complex with Z2856434778
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.379 Å

PDB-5rli:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 helicase in complex with Z45617795
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.26 Å

PDB-5rlj:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 helicase in complex with Z1407673036
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.879 Å

PDB-5rlk:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 helicase in complex with Z1509882419
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.956 Å

PDB-5rll:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 helicase in complex with Z425387594
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.08 Å

PDB-5rlm:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 helicase in complex with Z1650168321
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.858 Å

PDB-5rln:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 helicase in complex with Z364328788
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.147 Å

PDB-5rlo:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 helicase in complex with Z1454310449
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.097 Å

PDB-5rlp:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 helicase in complex with Z166605480
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.562 Å

PDB-5rlq:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 helicase in complex with Z285782452
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.225 Å

PDB-5rlr:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 helicase in complex with Z822382694
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.32 Å

PDB-5rls:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 helicase in complex with Z59181945
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.278 Å

PDB-5rlt:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 helicase in complex with Z53116498
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.43 Å

PDB-5rlu:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 helicase in complex with Z744754722
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.347 Å

PDB-5rlv:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 helicase in complex with Z2467208649
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.21 Å

PDB-5rlw:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 helicase in complex with Z45705015
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.97 Å

PDB-5rly:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 helicase in complex with Z2027049478
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.434 Å

PDB-5rlz:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 helicase in complex with Z2293643386
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.97 Å

PDB-5rm0:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 helicase in complex with Z1492796719
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.909 Å

PDB-5rm1:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 helicase in complex with Z426041412
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.896 Å

PDB-5rm2:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 helicase in complex with Z1741964527
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.82 Å

PDB-5rm3:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 helicase in complex with Z1745658474
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.09 Å

PDB-5rm4:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 helicase in complex with Z1639162606
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.96 Å

PDB-5rm5:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 helicase in complex with Z373768900
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.06 Å

PDB-5rm6:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 helicase in complex with Z396380540
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.128 Å

PDB-5rm7:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 helicase in complex with Z69118333
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.84 Å

PDB-5rm8:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 helicase in complex with Z1614545742
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.143 Å

PDB-5rm9:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 helicase in complex with Z2856434942
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.076 Å

PDB-5rma:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 helicase in complex with Z321318226
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.89 Å

PDB-5rmb:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 helicase in complex with Z2856434920
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.206 Å

PDB-5rmc:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 helicase in complex with Z24758179
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.15 Å

PDB-5rmd:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 helicase in complex with Z57614330
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.92 Å

PDB-5rme:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 helicase in complex with Z26333434
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.23 Å

PDB-5rmf:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 helicase in complex with Z54226006
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.23 Å

PDB-5rmg:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 helicase in complex with Z285675722
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.115 Å

PDB-5rmh:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 helicase in complex with Z1101755952
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.021 Å

PDB-5rmi:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 helicase in complex with Z53860899
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.116 Å

PDB-5rmj:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 helicase in complex with Z68299550
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.1 Å

PDB-5rmk:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 helicase in complex with Z1273312153
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.08 Å

PDB-5rml:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 helicase in complex with Z85956652
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.43 Å

PDB-5rmm:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 helicase in complex with POB0066
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.2 Å

PDB-6zsl:
Crystal structure of the SARS-CoV-2 helicase at 1.94 Angstrom resolution
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.94 Å

PDB-7nio:
Crystal structure of the SARS-CoV-2 helicase APO form
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.2 Å

PDB-7nn0:
Crystal structure of the SARS-CoV-2 helicase in complex with AMP-PNP
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.04 Å

PDB-7nng:
Crystal structure of the SARS-CoV-2 helicase in complex with Z2327226104
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.38 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

ChemComp-LJA:
N-[3-(carbamoylamino)phenyl]acetamide

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-VVD:
5-(acetylamino)-2-fluorobenzoic acid

ChemComp-VVG:
N-(2-fluorophenyl)ethanesulfonamide

ChemComp-UR7:
1-(3-fluoro-4-methylphenyl)methanesulfonamide

ChemComp-VVJ:
N-cycloheptyl-N-methylmethanesulfonamide

ChemComp-VVM:
4-amino-N-phenylbenzene-1-sulfonamide / N-フェニル-4-アミノベンゼンスルホンアミド

ChemComp-VVY:
2-phenoxy-1-(pyrrolidin-1-yl)ethan-1-one

ChemComp-VVP:
4-methoxy-1H-indole / 4-メトキシ-1H-インド-ル

ChemComp-NY7:
N-(2-methoxy-5-methylphenyl)glycinamide

ChemComp-VW1:
(2S)-2-(4-cyanophenoxy)propanamide

ChemComp-K2P:
2-(trifluoromethoxy)benzoic acid / 2-(トリフルオロメトキシ)安息香酸

ChemComp-JFM:
N-(2-phenylethyl)methanesulfonamide / N-フェネチルメタンスルホンアミド

ChemComp-VW4:
(2S)-2-phenylpropane-1-sulfonamide

ChemComp-NYV:
1-(propan-2-yl)-1H-imidazole-4-sulfonamide

ChemComp-H04:
1-(2-ethoxyphenyl)piperazine / 1-(2-エトキシフェニル)ピペラジン

ChemComp-VW7:
N-(8-methyl-1,2,3,4-tetrahydroquinolin-5-yl)acetamide

ChemComp-NZG:
3-(acetylamino)-4-fluorobenzoic acid

ChemComp-UQS:
N-[(2-fluorophenyl)methyl]-1H-pyrazol-4-amine

ChemComp-VWA:
(1S)-1-(4-fluorophenyl)-N-methylethan-1-amine

ChemComp-UVA:
N-methyl-2-(methylsulfonyl)aniline

ChemComp-VWD:
(1R)-2-(methylsulfonyl)-1-phenylethan-1-ol

ChemComp-VWG:
N-hydroxyquinoline-2-carboxamide / 2-キノリンカルボヒドロキシム酸

ChemComp-UVJ:
3-(2-methyl-1H-benzimidazol-1-yl)propanamide

ChemComp-JG4:
2-(thiophen-2-yl)-1H-imidazole / 2-(2-チエニル)-1H-イミダゾ-ル

ChemComp-VWJ:
N-(propan-2-yl)-1H-benzimidazol-2-amine / 2-(イソプロピルアミノ)-1H-ベンゾイミダゾ-ル

ChemComp-S9S:
~{N}-[2-(4-fluorophenyl)ethyl]methanesulfonamide

ChemComp-K34:
5-(1,3-thiazol-2-yl)-1H-1,2,4-triazole

ChemComp-VWM:
(3R)-1-acetyl-3-hydroxypiperidine-3-carboxylic acid

ChemComp-S7G:
~{N}-[(3~{R})-1,2,3,4-tetrahydroquinolin-3-yl]ethanamide

ChemComp-RY4:
N-[4-(aminomethyl)phenyl]methanesulfonamide

ChemComp-UXG:
1-(diphenylmethyl)azetidin-3-ol / 1-ベンズヒドリルアゼチジン-3-オ-ル

ChemComp-S7J:
2-(trifluoromethyl)pyrimidine-5-carboxamide

ChemComp-PK4:
2-fluoro-N,3-dimethylbenzene-1-sulfonamide

ChemComp-NUA:
N-(1-ethyl-1H-pyrazol-4-yl)cyclobutanecarboxamide

ChemComp-HR5:
~{N}-(cyclobutylmethyl)-1,5-dimethyl-pyrazole-4-carboxamide

ChemComp-N0E:
~{N}-(4-hydroxyphenyl)-3-phenyl-propanamide / N-(4-ヒドロキシフェニル)-3-フェニルプロパンアミド

ChemComp-GQJ:
methyl (2~{S},4~{R})-1-(furan-2-ylcarbonyl)-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxylate

ChemComp-EJQ:
~{N}-(4-fluorophenyl)-2-pyrrolidin-1-yl-ethanamide

ChemComp-JHJ:
N-(4-methoxyphenyl)-N'-pyridin-4-ylurea / 1-[(4-メトキシフェニル)]-3-(ピリジン-4-イル)尿素

ChemComp-VWV:
ethyl (1,1-dioxo-1lambda~6~,4-thiazinan-4-yl)acetate

ChemComp-6SU:
methyl 3-(methylsulfonylamino)benzoate / 3-(メチルスルホニルアミノ)安息香酸メチル

ChemComp-VWY:
N-ethyl-4-[(methylsulfonyl)amino]benzamide

ChemComp-RYM:
4-(benzimidazol-1-ylmethyl)benzenecarbonitrile / 4-(1H-ベンゾイミダゾ-ル-1-イルメチル)ベンゾニトリル

ChemComp-NX7:
(2,6-difluorophenyl)(pyrrolidin-1-yl)methanone

ChemComp-MUK:
4,6-dimethyl-~{N}-phenyl-pyrimidin-2-amine / ピリメタニル

ChemComp-VX4:
[(4S)-4-methylazepan-1-yl](1,3-thiazol-4-yl)methanone

ChemComp-STV:
~{N}-(1,3-benzodioxol-5-ylmethyl)ethanesulfonamide

ChemComp-JOV:
3-chloro-N-(1-hydroxy-2-methylpropan-2-yl)benzamide

ChemComp-O2A:
N-methyl-1H-indole-7-carboxamide

ChemComp-VXD:
N-(3-chloro-2-methylphenyl)glycinamide

ChemComp-VXG:
(3S,4R)-1-acetyl-4-phenylpyrrolidine-3-carboxylic acid

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-UJK:
1-(2-methylphenyl)-1,2,3-triazole-4-carboxylic acid

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN / SGC - Diamond I04-1 fragment screening / PanDDA / XChemExplorer / HYDROLASE / SARS-CoV-2 Helicase NSP13 / NSP13 / Helicase / SARS-CoV-2

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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