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タイトル9Å structure of the COPI coat reveals that the Arf1 GTPase occupies two contrasting molecular environments.
ジャーナル・号・ページElife, Vol. 6, Year 2017
掲載日2017年6月16日
著者Svetlana O Dodonova / Patrick Aderhold / Juergen Kopp / Iva Ganeva / Simone Röhling / Wim J H Hagen / Irmgard Sinning / Felix Wieland / John A G Briggs /
PubMed 要旨COPI coated vesicles mediate trafficking within the Golgi apparatus and between the Golgi and the endoplasmic reticulum. Assembly of a COPI coated vesicle is initiated by the small GTPase Arf1 that ...COPI coated vesicles mediate trafficking within the Golgi apparatus and between the Golgi and the endoplasmic reticulum. Assembly of a COPI coated vesicle is initiated by the small GTPase Arf1 that recruits the coatomer complex to the membrane, triggering polymerization and budding. The vesicle uncoats before fusion with a target membrane. Coat components are structurally conserved between COPI and clathrin/adaptor proteins. Using cryo-electron tomography and subtomogram averaging, we determined the structure of the COPI coat assembled on membranes in vitro at 9 Å resolution. We also obtained a 2.57 Å resolution crystal structure of βδ-COP. By combining these structures we built a molecular model of the coat. We additionally determined the coat structure in the presence of ArfGAP proteins that regulate coat dissociation. We found that Arf1 occupies contrasting molecular environments within the coat, leading us to hypothesize that some Arf1 molecules may regulate vesicle assembly while others regulate coat disassembly.
リンクElife / PubMed:28621666 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均) / X線回折
解像度2.57 - 17.3 Å
構造データ

3720

5nzr

EMDB-3720, PDB-5nzr:
The structure of the COPI coat leaf
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 9.2 Å

3721

5nzs

EMDB-3721, PDB-5nzs:
The structure of the COPI coat leaf in complex with the ArfGAP2 uncoating factor
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 10.1 Å

3722

5nzt

EMDB-3722, PDB-5nzt:
The structure of the COPI coat linkage I
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 17.0 Å

3723

5nzu

EMDB-3723, PDB-5nzu:
The structure of the COPI coat linkage II
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 15.0 Å

3724

5nzv

EMDB-3724, PDB-5nzv:
The structure of the COPI coat linkage IV
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 17.3 Å

PDB-5mu7:
Crystal Structure of the beta/delta-COPI Core Complex
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.57 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER / 水

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
  • rattus norvegicus (ドブネズミ)
  • chaetomium thermophilum var. thermophilum dsm 1495 (菌類)
キーワードPROTEIN TRANSPORT / coatomer (コートマー) / COPI (COPI) / beta COP / delta COP / TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / coated vesicles / ArfGAP2

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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