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タイトルA crystallographic fragment study with cAMP-dependent protein kinase A
ジャーナル・号・ページTo Be Published
掲載日2016年11月24日 (構造データの登録日)
著者Siefker, C. / Heine, A. / Klebe, G.
リンクPubMedで検索
手法X線回折
解像度1.12 - 1.833 Å
構造データ

PDB-5mhi:
cAMP-dependent Protein Kinase A from Cricetulus griseus in complex with fragment like molecule (5-chloro-2-methoxyphenyl)methanamine
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.489 Å

PDB-5n1d:
cAMP-dependent Protein Kinase A from Cricetulus griseus in complex with fragment like molecule N-methyl-1-(5-pyridin-3-yloxyfuran-2-yl)methanamine
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.609 Å

PDB-5n1e:
cAMP-dependent Protein Kinase A from Cricetulus griseus in complex with fragment like molecule N-(1,3-benzodioxol-5-yl)-2-piperidin-1-ylacetamide
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.529 Å

PDB-5n1f:
cAMP-dependent Protein Kinase A from Cricetulus griseus in complex with fragment like molecule N-quinolin-5-ylpyridine-3-carboxamide
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.12 Å

PDB-5n1g:
cAMP-dependent Protein Kinase A from Cricetulus griseus in complex with fragment like molecule 4-(2-Amino-1,3-thiazol-4-yl)-1-oxaspiro[4.5]decan-2-one
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.14 Å

PDB-5n1h:
cAMP-dependent Protein Kinase A from Cricetulus griseus in complex with fragment like molecule Methyl 4-(aminomethyl)benzoate
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.18 Å

PDB-5n1k:
cAMP-dependent Protein Kinase A from Cricetulus griseus in complex with fragment like molecule 2-amino-1-(4-fluorophenyl)ethanol
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-5n1l:
cAMP-dependent Protein Kinase A from Cricetulus griseus in complex with fragment like molecule 2,5-dimethyl-N-pyridin-4-ylfuran-3-carboxamide
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.489 Å

PDB-5n1m:
cAMP-dependent Protein Kinase A from Cricetulus griseus in complex with fragment like molecule (5-chloro-2-methoxyphenyl)methanamine
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.436 Å

PDB-5n1n:
cAMP-dependent Protein Kinase A from Cricetulus griseus in complex with fragment like molecule 2-chloro-9-propan-2-ylpurine
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.405 Å

PDB-5n1o:
cAMP-dependent Protein Kinase A from Cricetulus griseus in complex with fragment like molecule 2-chloro-4-(chloromethyl)-5-hydroxyphenyl)ethan-1-one
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-5n32:
cAMP-dependent Protein Kinase A from Cricetulus griseus in complex with fragment like molecule 4-chlorobenzyl carbamimidothioate
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.833 Å

PDB-5n36:
cAMP-dependent Protein Kinase A from Cricetulus griseus in complex with fragment like molecule 3H-isoindol-2-ium-1-amine
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.58 Å

PDB-5n37:
cAMP-dependent Protein Kinase A from Cricetulus griseus in complex with fragment like molecule N-(1,3-benzodioxol-5-ylmethyl)cyclopentanamine
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.589 Å

PDB-5n39:
cAMP-dependent Protein Kinase A from Cricetulus griseus in complex with fragment like molecule 2-(2,3-dihydrobenzo[b][1,4]dioxin-6-yl)pyrrolidine
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.45 Å

PDB-5n3a:
cAMP-dependent Protein Kinase A from Cricetulus griseus in complex with fragment like molecule 4-methyl-5-(1-methylimidazol-2-yl)-1,3-thiazol-2-amine
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.404 Å

PDB-5n3b:
cAMP-dependent Protein Kinase A from Cricetulus griseus in complex with fragment like molecule 2-(pyridin-3-yl)ethanamine
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.64 Å

PDB-5n3f:
cAMP-dependent Protein Kinase A from Cricetulus griseus in complex with fragment like molecule N-[3-(aminomethyl)phenyl]acetamide
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.68 Å

PDB-5n3g:
cAMP-dependent Protein Kinase A from Cricetulus griseus in complex with fragment like molecule (R)-1,4-oxazepan-6-ol
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.16 Å

PDB-5n3i:
cAMP-dependent Protein Kinase A from Cricetulus griseus in complex with fragment like molecule methyl (2S)-2-amino-3-phenylpropanoate
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.14 Å

PDB-5n3k:
cAMP-dependent Protein Kinase A from Cricetulus griseus in complex with fragment like molecule O-guanidino-L-homoserine
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.33 Å

PDB-5n3l:
cAMP-dependent Protein Kinase A from Cricetulus griseus in complex with fragment like molecule 4-[(1R)-2-amino-1-hydroxyethyl]benzene-1,2-diol
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.38 Å

PDB-5n3m:
cAMP-dependent Protein Kinase A from Cricetulus griseus in complex with fragment like molecule D-arginine
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.229 Å

PDB-5n3n:
cAMP-dependent Protein Kinase A from Cricetulus griseus in complex with fragment like molecule [(2R)-2,4-dihydroxy-4-oxobutyl]-trimethylazanium
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.224 Å

PDB-5n3o:
cAMP-dependent Protein Kinase A from Cricetulus griseus in complex with fragment like molecule 3-(1,3-oxazol-5-yl)aniline
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.32 Å

PDB-5n3p:
cAMP-dependent Protein Kinase A from Cricetulus griseus in complex with fragment like molecule 1H-Indol-5-ol
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.58 Å

PDB-5n3r:
cAMP-dependent Protein Kinase A from Cricetulus griseus in complex with fragment like molecule 2-(carbamoylamino)-4-methylsulfanylbutanoic acid
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.36 Å

PDB-5n3t:
cAMP-dependent Protein Kinase A from Cricetulus griseus in complex with fragment like molecule 5-Chlorothiophene-2-sulfonamide
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.209 Å

PDB-5n7p:
cAMP-dependent Protein Kinase A from Cricetulus griseus in complex with fragment like molecule 3-amino-5-(pyrrolidin-1-yl)-1H-pyrazole-4-carbonitrile
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.501 Å

化合物

ChemComp-MPD:
(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 沈殿剤*YM / 2-Methyl-2,4-pentanediol

ChemComp-7N9:
(5-chloranyl-2-methoxy-phenyl)methylazanium

ChemComp-DMS:
DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / DMSO, 沈殿剤*YM / ジメチルスルホキシド

ChemComp-HOH:
WATER / 水

ChemComp-8FZ:
(5-pyridin-3-yloxyfuran-2-yl)methanamine

ChemComp-9NT:
~{N}-(1,3-benzodioxol-5-yl)-2-piperidin-1-ium-1-yl-ethanamide

ChemComp-8ET:
~{N}-quinolin-5-ylpyridine-3-carboxamide

ChemComp-MRD:
(4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 沈殿剤*YM / 2-Methyl-2,4-pentanediol

ChemComp-8G5:
(4R)-4-(2-amino-1,3-thiazol-4-yl)-1-oxaspiro[4.5]decan-2-one

ChemComp-8G2:
(4-methoxycarbonylphenyl)methylazanium / 4-(アミニオメチル)安息香酸メチル

ChemComp-489:
(1S)-2-amino-1-(4-fluorophenyl)ethanol / (S)-1-(4-フルオロフェニル)-2-アミノエタノ-ル

ChemComp-47V:
2,5-dimethyl-N-(pyridin-4-yl)furan-3-carboxamide

ChemComp-BJK:
(4-methoxy-3-oxidanyl-phenyl)methylazanium

ChemComp-8G8:
2-chloranyl-9-methyl-purine

ChemComp-8GB:
1-[5-chloranyl-3-(chloromethyl)-2-oxidanyl-phenyl]ethanone

ChemComp-8K5:
[azanyl-[(4-chlorophenyl)methylsulfanyl]methylidene]azanium / ジアミノ[(4-クロロフェニルメチル)チオ]メチリウム

ChemComp-F05:
1H-isoindol-3-amine / イソインドリン-1-イミン

ChemComp-8JT:
1,3-benzodioxol-5-ylmethyl(cyclopentyl)azanium

ChemComp-8LZ:
(2~{S})-2-(2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-6-yl)pyrrolidin-1-ium

ChemComp-46P:
4-methyl-5-(1-methyl-1H-imidazol-2-yl)-1,3-thiazol-2-amine

ChemComp-BJN:
2-pyridin-3-ylethylazanium

ChemComp-463:
N-[3-(aminomethyl)phenyl]acetamide

ChemComp-8KB:
(6~{R})-1,4-oxazepan-6-ol

ChemComp-BJQ:
[(2~{S})-1-methoxy-1-oxidanylidene-3-phenyl-propan-2-yl]azanium / (L-フェニルアラニンメチル)-N-カチオン

ChemComp-GGB:
L-CANAVANINE / カナバニン / カナバニン

ChemComp-E5E:
Noradrenaline / (R)-2-(3,4-ジヒドロキシフェニル)-2-ヒドロキシエタンアミニウム / 神経伝達物質, ホルモン*YM / ノルアドレナリン

ChemComp-DAR:
D-ARGININE / アルギニン

ChemComp-152:
CARNITINE / カルニチン / カルニチン

ChemComp-5AO:
3-(1,3-oxazol-5-yl)aniline / 3-(5-オキサゾリル)アニリン

ChemComp-5H1:
1H-indol-5-ol / 5-ヒドロキシインド-ル

ChemComp-CDT:
4-METHYLSULFANYL-2-UREIDO-BUTYRIC ACID / N-カルバモイル-D-メチオニン

ChemComp-8K2:
5-chloranylthiophene-2-sulfonamide / 5-クロロチオフェン-2-スルホンアミド

ChemComp-E9Q:
5-azanyl-3-pyrrolidin-1-yl-1~{H}-pyrazole-4-carbonitrile

由来
  • cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / fragment / complex / serine threonine kinase / cAMP (CAMP) / kinase (キナーゼ) / PKA / serine threonine kinas / kinse

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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