[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルIn situ high-resolution structure of the baseplate antenna complex in Chlorobaculum tepidum.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 7, Page 12454, Year 2016
掲載日2016年8月18日
著者Jakob Toudahl Nielsen / Natalia V Kulminskaya / Morten Bjerring / Juha M Linnanto / Margus Rätsep / Marie Østergaard Pedersen / Petar H Lambrev / Márta Dorogi / Győző Garab / Karen Thomsen / Caroline Jegerschöld / Niels-Ulrik Frigaard / Martin Lindahl / Niels Chr Nielsen /
PubMed 要旨Photosynthetic antenna systems enable organisms harvesting light and transfer the energy to the photosynthetic reaction centre, where the conversion to chemical energy takes place. One of the most ...Photosynthetic antenna systems enable organisms harvesting light and transfer the energy to the photosynthetic reaction centre, where the conversion to chemical energy takes place. One of the most complex antenna systems, the chlorosome, found in the photosynthetic green sulfur bacterium Chlorobaculum (Cba.) tepidum contains a baseplate, which is a scaffolding super-structure, formed by the protein CsmA and bacteriochlorophyll a. Here we present the first high-resolution structure of the CsmA baseplate using intact fully functional, light-harvesting organelles from Cba. tepidum, following a hybrid approach combining five complementary methods: solid-state NMR spectroscopy, cryo-electron microscopy, isotropic and anisotropic circular dichroism and linear dichroism. The structure calculation was facilitated through development of new software, GASyCS for efficient geometry optimization of highly symmetric oligomeric structures. We show that the baseplate is composed of rods of repeated dimers of the strongly amphipathic CsmA with pigments sandwiched within the dimer at the hydrophobic side of the helix.
リンクNat Commun / PubMed:27534696 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / NMR (固体)
解像度26.5 Å
構造データ

4033

5lcb

EMDB-4033, PDB-5lcb:
In situ atomic-resolution structure of the baseplate antenna complex in Chlorobaculum tepidum obtained combining solid-state NMR spectroscopy, cryo electron microscopy and polarization spectroscopy
手法: EM (単粒子) / 解像度: 26.5 Å

化合物

ChemComp-BCL:
BACTERIOCHLOROPHYLL A

由来
  • Chlorobaculum tepidum (バクテリア)
  • chlorobium tepidum (strain atcc 49652 / dsm 12025 / nbrc 103806 / tls) (バクテリア)
キーワードbacteriochlorophyll binding protein / photosynthesis / light-harvesting protein / binds bacteriochlorophyll a / oligomeric complex

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る