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タイトルDual RING E3 Architectures Regulate Multiubiquitination and Ubiquitin Chain Elongation by APC/C.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 165, Issue 6, Page 1440-1453, Year 2016
掲載日2016年6月2日
著者Nicholas G Brown / Ryan VanderLinden / Edmond R Watson / Florian Weissmann / Alban Ordureau / Kuen-Phon Wu / Wei Zhang / Shanshan Yu / Peter Y Mercredi / Joseph S Harrison / Iain F Davidson / Renping Qiao / Ying Lu / Prakash Dube / Michael R Brunner / Christy R R Grace / Darcie J Miller / David Haselbach / Marc A Jarvis / Masaya Yamaguchi / David Yanishevski / Georg Petzold / Sachdev S Sidhu / Brian Kuhlman / Marc W Kirschner / J Wade Harper / Jan-Michael Peters / Holger Stark / Brenda A Schulman /
PubMed 要旨Protein ubiquitination involves E1, E2, and E3 trienzyme cascades. E2 and RING E3 enzymes often collaborate to first prime a substrate with a single ubiquitin (UB) and then achieve different forms of ...Protein ubiquitination involves E1, E2, and E3 trienzyme cascades. E2 and RING E3 enzymes often collaborate to first prime a substrate with a single ubiquitin (UB) and then achieve different forms of polyubiquitination: multiubiquitination of several sites and elongation of linkage-specific UB chains. Here, cryo-EM and biochemistry show that the human E3 anaphase-promoting complex/cyclosome (APC/C) and its two partner E2s, UBE2C (aka UBCH10) and UBE2S, adopt specialized catalytic architectures for these two distinct forms of polyubiquitination. The APC/C RING constrains UBE2C proximal to a substrate and simultaneously binds a substrate-linked UB to drive processive multiubiquitination. Alternatively, during UB chain elongation, the RING does not bind UBE2S but rather lures an evolving substrate-linked UB to UBE2S positioned through a cullin interaction to generate a Lys11-linked chain. Our findings define mechanisms of APC/C regulation, and establish principles by which specialized E3-E2-substrate-UB architectures control different forms of polyubiquitination.
リンクCell / PubMed:27259151 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.0013 - 6.4 Å
構造データ

3432

5l9u

EMDB-3432: Anaphase-promoting complex/Cyclosome (APC/C)-CDH1-UBE2C (aka UBCH10)-substrate-Ubiquitin (variant)
PDB-5l9u: Model of human Anaphase-promoting complex/Cyclosome (APC/C-CDH1) with a cross linked Ubiquitin variant-substrate-UBE2C (UBCH10) complex representing key features of multiubiquitination
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.4 Å

3433

5l9t

EMDB-3433: Anaphase-promoting complex/Cyclosome (APC/C)-CDH1-UBE2S-Ubiquitin (variant)-substrate
PDB-5l9t: Model of human Anaphase-promoting complex/Cyclosome (APC/C-CDH1) with E2 UBE2S poised for polyubiquitination where UBE2S, APC2, and APC11 are modeled into low resolution density
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.0 Å

PDB-5jg6:
APC11-Ubv shows role of noncovalent RING-Ubiquitin interactions in processive multiubiquitination and Ubiquitin chain elongation by APC/C
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.0013 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-HOH:
WATER / 水

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • saccharomyces cerevisiae (strain atcc 204508 / s288c) (パン酵母)
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
  • rattus norvegicus (ドブネズミ)
キーワードCELL CYCLE (細胞周期) / RING Ubiquitin Cell Cycle Anaphase-promoting complex-Cyclosome / Ubiquitination (ユビキチン) / multi-protein complex / cell division (細胞分裂) / conformational regulation / SIGNALING PROTEIN

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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